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為促進兩岸經貿交流與發展，財團法人海峽交流基金會與海峽兩岸關係協會依據「海峽兩岸經濟合作架構協議」 以下簡稱第六條有關規定，就兩岸海關合作事宜，經平等協商，達成協議如下：
第一章 總則
第一條 定義
在本協議中，
海關程序指雙方海關及利害關係人應遵守的相關程序及規定；
海關合作指雙方為執行海關規定而進行的各項合作；
運輸工具指用以載運人員、貨物、物品入出境的各種船舶、車輛及航空器；
請求方海關指請求協助的一方海關；
被請求方海關指被請求協助的一方海關。
第二條 範圍
本協議適用於執行海關程序及進行海關合作的相關事宜。
第三條 目標
本協議目標為：
一、促進雙方海關程序的簡化及協調，提高通關效率，便利的執行。
二、便利兩岸人員及貨物的往來，促進兩岸貿易便利與安全。
第二章 海關程序
第四條 便利化
一、雙方應確保海關程序及其執行具有可確定性、一致性及透明性，其關稅估價、稅則分類等規定應與世界貿易組織或世界海關組織有關規定相一致。
二、雙方應採取適當措施，以便利貨物、物品及運輸工具的通關，並逐步應用資訊技術，促進無紙化通關的發展。
第五條 風險管理
雙方海關應注重識別高風險企業及貨物，實施優質企業（以下簡稱）認證制度，便利貨物通關。
第六條 透明度
雙方海關應採取包括但不限於以下措施提高透明度：
一、公布與利害關係人權利義務有關的規定。
二、設置必要的諮詢點，受理利害關係人相關業務諮詢。
三、一方海關規定有重大修正，且可能對本協議的實施產生實質影響時，應及時通知另一方海關。
四、應一方海關請求，另一方海關應就已公布並影響利害關係人規定的變動情況提供訊息。
第七條 行政救濟
雙方海關的規定應賦予利害關係人對海關作出的決定申請行政救濟的權利。
第三章 海關合作
第八條 合作內容
雙方海關在包括但不限於以下領域內進行合作：
一、相互通報有關海關規定；及時交換與貨品貿易有關的關稅估價、稅則分類及原產地認定所需的證件、文書等相關資料。
二、為正確核估貨品貿易進口貨物關稅，主動或應請求提供及查核關稅估價、稅則分類及原產地認定有關資訊。
三、進行查處走私相關合作與技術交流，主動或應請求提供查處走私及其他違反海關規定行為的情報資料與協助。
四、對通關過程中產生的問題應及時進行溝通協調，採取必要措施予以解決。
五、對各自海關監管中應用的風險管理方法，選取可行項目進行合作。
六、逐步實施相互承認並給予通關便利。
七、對各自海關監管中應用無線射頻識別技術（）的方法，進行交流與合作。
八、加強在海關保稅區海關管理方面的交流與合作。
九、建立與貨品貿易有關的海關電子資訊交換系統。
十、對暫准貨物通關事項進行合作。
十一、進行海關貿易統計合作，定期交換貿易統計數據，進行貿易統計制度、方法、統計數據差異分析等技術交流。
十二、進行人員互訪、交流、觀摩學習及專題研討。
第四章 請求程序
第九條 請求的方式
請求方海關應以書面方式提出請求，並附所需文件。如情況緊急，請求方海關可提出口頭請求，但應儘速以書面方式加以確認。
第十條 請求的內容
一、依據本協議所提出的請求應包括下列內容：
（一）提出請求的海關；
（二）請求的目的及理由；
（三）請求事項的相關情況；
（四）請求採取的措施；
（五）涉及有關規定的說明；
（六）答復時限及聯絡方式；
（七）其他經雙方海關同意應說明的事項。
二、被請求方海關必要時可要求請求方海關對上述請求進行更正或補充。
第十一條 請求的執行
一、被請求方海關應在其權限及能力範圍內採取合理的執行措施。
二、被請求方海關可依請求提供經過適當認證的文件資料及其他物件。除被特別要求書面文件外，被請求方海關可傳送電子資訊並提供必要的說明。
三、若請求事項涉及被請求方海關以外的其他相關部門，被請求方海關應將該項請求轉送相關部門，並將處理情況通知請求方海關。
四、被請求方海關可按請求方海關的要求執行有關請求，除非該要求與被請求方海關的規定或做法相抵觸。
第五章 其他
第十二條 聯繫機制
一、雙方同意，由兩岸經濟合作委員會海關合作工作小組負責處理本協議及海關合作相關事宜，由雙方海關各自指定的聯絡人負責聯絡，並建立聯絡熱線，以保障協議的順利實施。必要時，經雙方同意，可指定其他單位負責聯絡特定事項。
二、海關合作工作小組可視需要成立工作分組負責處理本協議有關事宜，並向海關合作工作小組報告。
三、雙方海關視需要舉行會議，以評估本協議執行情況及研究解決有關問題。
第十三條 保密義務
一、依據本協議所取得的任何資訊，應受到在接受方取得同類資訊所應受到相同程度的保護。
二、一方海關對所提供資訊的保密性有特殊要求並說明理由，另一方海關應給予特殊保護。
三、如未事先獲得被請求方海關的書面同意，請求方海關不得將取得的資訊轉交其他單位及人員，亦不得在司法及行政程序中作為證據使用。
第十四條 費用
一、雙方海關就執行請求所產生的一切費用，原則上應放棄獲得補償的要求。如執行請求需要支付巨額或特別性質的費用，雙方海關應商定執行該項請求的條件及有關費用負擔的辦法。
二、雙方海關可就執行本協議第八條規定的合作事項所產生費用的補償問題另行商定。
第十五條 文書格式
基於本協議所進行的業務聯繫，應使用雙方商定的文書格式。
第十六條 修正
本協議修正，應經雙方協商同意，並以書面形式確認。
第十七條 生效
本協議簽署後，雙方應各自完成有關程序並以書面通知另一方。本協議自雙方均收到對方通知後次日起生效。
本協議於八月九日簽署，一式四份，雙方各執兩份。四份文本中對應表述的不同用語所含意義相同，四份文本具有同等效力。
海峡两岸海关合作协议