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太醫院
國初置醫學提舉司，後改太醫監，又改太醫院，定爲正五品衙門。設院使、院判、御醫、吏目等官職，專診視疾病、修合、藥餌之事。而聖濟殿番職，則擇術藝精通者與焉。其子弟之隸醫籍者教之、黜陟之，具有事例，屬禮部。而惠民有局，生藥有庫，亦各設大使、副使，爲其屬云。
凡本院院使、院判、御醫，日於內府御藥房，分兩班輪直供事。嘉靖十五年，改建聖濟殿於文華殿後，設御藥庫，本院官分班輪直。
凡收四方進貢及儲蓄上用藥品，俱於內府收掌。
凡供用藥餌，國初令醫官就內局修製，本院官診視御脈，御醫參看校同，內臣就內局和藥，將藥帖連名封記，具本開寫本方藥性治證之法於日用之下。醫官、內臣書名以進，置簿曆，用中書省印合縫。進藥奏本既具，隨即附簿年月下書名，內臣收掌，以憑稽考。
凡烹調御藥，本院官與內臣監視。每二服合爲一服，候熟分爲二器，其一器御醫先嘗、次院判、次內臣，其一器進御。
凡各王府良醫員缺，從本院推舉院士，送吏部選用。
凡本院習業，分爲十三科。自御醫以下與醫士、醫生各專一科。隆慶五年奏定：御醫吏目共二十員，大方脈五員，傷寒科四員，小方脈、婦人科各二員，口齒、咽喉、外科、正骨、痘疹、眼科、針炙等七科各一員。醫士、醫生各七十餘名，大方脈、傷寒科、小方脈、婦人科、口齒咽喉外科、正骨、痘疹、眼科、針炙等七科，各名數不等。各官員缺及醫士醫生名缺，即以該科人數照例考補。如無相應人數，不必補足。
凡各王府差人請醫視疾，本院奉旨差官或醫士往視。若文武大臣或外夷酋長有疾，亦奉旨往視。其治療可否，皆具本覆奏。或軍中缺醫，亦憑總兵巡撫官奏請撥用。
凡醫士醫生，俱於本院修合藥餌，若醫官醫士仍差委各處用藥，計各處用藥醫官醫士員名。聖濟殿即御藥房，
凡醫士，俱以父祖世業代補，或令在外訪保醫官醫士以充。其精通醫術者，本院奏進聖濟殿供事。
凡醫家子弟，弘治五年奏準，查照舊例選入本院，推堪任教師者二三人教習醫術，每季考試。三年或五年，堂上官一員同醫官二員，考試通曉本科者收充醫士，食糧當差；未通曉者，仍令習學一年，三試不中者黜之。若五年考試成材者多，其教師奏請量加陛授。嘉靖六年奏準：考校醫士，除藝業不通及老疾者，俱爲民；其年壯可進者，俱令教師教習，定與課程，一年四考，約有成材。禮部會考分別有等第，一等送御藥房供事，原係本房者量授職事；二等給冠帶，發回本院辦事，原奉例冠帶者，與支雜職奉給；三等照常當差。良醫大使有缺，於二等三等內考送吏部銓補，在外人役醫業精通者，一體收考，量爲取用。十二年議準本院醫士、醫生不分新舊，不許立定頂補教習名色，通令習學本業，按季考試，每年終呈送禮部，委該司會同校驗其有無進益，如無進益，量加懲治，甚者住支月糧。其有畏避考校、託故曠役者，一體究治。三年滿日，通送禮部，叔同本院堂上官出題嚴考，分爲三等，一等送御藥房供事，二等給與冠帶，三等俱發本院當差。遇有御醫吏目員缺，將本房一等人員送部再考，擇其術業精通、操履端謹者。御醫於吏目內銓補，吏目於醫士內銓補，如前考補，定擬職事，咨送吏部，照缺填註。若將不係
方準挨次差撥，未經三年考過者不準。其在院習學醫丁並子弟，同概院醫士生一體大考，考居一等收充醫士，二等收充醫生，各食糧當差。三等、四等仍撥回習學，三年再考。如或兩次不堪者，發回原籍當差，永不收考。其餘在京差遣。並不願考及臨考不到人役，俱限半年以裹類送補考。如或再行推避，及有起復差回、病痊、銷假半年以上，不送考者，服滿、差滿、患病、給假各限滿而各故違一年以上不回院，希圖避考者，听禮部參奏降革。
凡年終考試，禮部止與分別等第，量行懲責其冠帶、食糧、供事等例，俱候三年一次，題請施行。
凡該院大小官醫，俱要將《
素問
》《
難經
》《
本草
》《
脈經
》《
脈訣
》及本科緊要方書熟讀詳解，待各考滿到部及考試之時，於內出題，令其默寫登答。如不能通，除醫士醫生照前例施行外，若係考滿官，發回講習半年再考。
凡天下府州縣舉到醫士堪任醫官者，俱從禮部送本院考試，仍委該司官一員會考，中者送吏部選用，不中者發回原籍爲民，保官吏治罪。
凡醫丁告補，隆慶五年奏準：查係年近嫡派子孫方準行院結勘，送院習學。三年通候類考，考中方準補役。如嫡派無人或不堪補，其親枝弟姪人等果係自幼報冊，勘以作養者，亦量準一人，一體習學考補。其年遠難憑，及旁枝遠族，不許一概妄告。如各科缺役數多，本部另行議請選取，其實在醫籍人戶，各以正枝一人爲戶首，備查宗派立冊。以後止據見在各戶，核實造報。間有離任回籍等情，俱要赴部告明，給與定限，如私行逃回及故違期限者查革，年遠不明妄行告收者不準。萬曆九年題準：醫丁如一戶缺人，準令通曉醫業嫡派子孫一人補役，然必自幼報名在冊或原籍起送到部方與準行，若冊內無名及無起送公文者不準。至於見在供役者，只許丁男一人習學，其餘不得一概告收。
凡堂官陞補，萬曆九年題準：御醫升堂上官者，限以九年，有缺陞職，無缺陞俸。惟院使有缺，姑將院判資深者敘補。若院判有缺而御醫無資俸相應者，寧虛缺不補。其吏目陞御醫者，但歷俸六年之上，遇有員缺，更不得追敘前差，即得準補。如有術業荒疎者，不許一概冒陞。十三年題準內殿御醫實歷六年以上者，亦準遇缺推補。
凡醫士吏目陞補，隆慶五年奏準：果有術業精通、勤勞顯著者，內殿三年、外差六年，開送禮部，核實考試。醫士準補吏目，吏目準陞御醫。如醫業平常，無勞績可據，不準陞補。萬曆五年題準：內殿六年、外差九年，方準陞補。
凡醫官醫士撥差，隆慶五年奏準：內府、書堂等處準照邊關事例，一年一換。邊關差一次及書堂等處差二次者，俱準作三年論，與司禮監三大營等差，一體扣算。九年滿日，陞官。萬曆二年議定：應差員役遇有九年差撥，先儘內殿考出二等醫士。次及二等冠帶醫士年深者，又次及內殿考出三等醫士。如缺少人多，即與挨撥。內府、書堂等差候有九年差缺，仍與改撥，其餘醫丁子弟新充醫生及新考納銀冠帶醫士，止許挨撥內書堂及邊關等差。遇有九年差缺俱不準撥。九年題準：二等聽差員役，除內殿考出六年已滿與外差九年已滿者，止許候考吏目，不準再差。及醫生新充醫士、習學醫丁子弟新充醫生，雖考居二等，止準撥內府、書堂等差。俟其下次大考，給有冠帶，然後撥以九年之差。其餘凡係冠帶醫士，不掬新舊，並納銀冠帶醫士，先年曾經大考，今次仍居二等者，俱準撥九年差缺。原奉差未滿者，準其照舊供役。未差者，一照考案名次爲序，挨次撥差。其考居三等者，必係醫學荒疎，俱不準九年差缺。
凡本院各官給由到部，萬曆四年題準：每季中查明類考，其曾經發回習學及公差在外或遇當考而對考無人，因致遲緩，明註緣由，候下次再考定奪。又準奏：前項官員三、六年考滿，務在三月之內起文投吏部，候吏部咨送，驗其稱否。如曾經撥回習學者，候禮部考稱之日，準作一考，以後另歷三年方準再考，不許將前發回月日，一概通理。
凡本院取充醫役者，洪武以來，例免原籍民差。弘治二年令：御藥房供事者免二丁，本院應役者免一丁。
凡各監局取討藥料，萬曆三年題準：俱用印信，手本憑照，方行給發。仍造聖濟殿御藥關防一顆，給提督收管，以憑傳取。年終仍將傳取過藥材等項及餘剩數目造冊送部查考。
凡天下解納藥材，俱貯本院生藥庫。以御醫二員與大使一員辨驗收放。禮部仍委官一員監收，至年終照例造冊二本，一留本院備照，一送本部查考。隆慶四年題準：管庫官員，每年一更替。
凡藥材如丹砂、鹿茸等項，先因在外鎮守等官額外進貢，沿途害人，成化二十三年詔：禁止勿進。
凡天下歲辦藥材，俱於出產地方派納。永樂以後，額定五萬五千四百七十四斤。成化以來，其數漸增，至嘉靖初通計二十六萬四千二百二十七斤有零。十三議準：歲辦藥材以十分爲率，九分採辦本色，雖遇災傷，不準折價。其一分折銀，解送，以備收買、應用。十七年，令俱徵解本色，不許折價，後題減一萬五千五百四十一斤零，易金箔、硃砂、麝香等藥，今見辦共計二十四萬九千五百八十一斤零。
浙江布政司所屬府州縣，原額紫菀等藥共三萬一千九百九十斤五兩、金箔一百八貼、銀箔七十二貼，後題減三百八十斤，易金箔八百貼，實該三萬一千六百一十斤五兩、金箔九百八貼、銀箔如舊。
江西布政司所屬府州縣，原額香薷等藥六千一百四十二斤二兩六錢。
湖廣布政司所屬府州縣，原額貝母等藥五千八百九十四斤二錢、白花蛇九條、烏蛇十條，後題減二千二百五十九斤十二兩四錢，易硃砂、麝香一百四斤，實該三千七百三十八斤三兩八錢。
福建布政司所屬府州縣，原額表黛等藥二千七百五十九斤七兩七錢一分，後題減十四兩四錢，易天竺黃五斤，實該二千七百六十三斤九兩三錢一分。
四川布政司所屬府州縣，原額附子等葯一萬七千三百二十一斤八兩、天雄四對，後題減二千八百三十斤，易麝香、犀角九斤、琥珀二十兩，實該一萬四千五百一斤一十二兩。
廣東布政司所屬府州縣，原額藿香等藥九千二百三十四斤三兩四錢、蛤蚧一十七對，後題減三千七百斤，易沉香等藥二百三十五斤、片腦三十兩，實該五千七百七十一斤一兩四錢。