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乙酉五月，清兵渡江，南都弗守，總兵官鄭鴻逵、鄭彩撤師回閩。會唐王從河南來，奉之俱南，至福州，與福建巡撫張肯堂、巡按御史吳春枝、禮部尚書黃道周、南安伯鄭芝龍等共會議，立唐王為監國。王，太祖後也，封南陽。初以父殀，失愛於祖，兩叔謀奪嫡，未得請名。及祖端王薨，守道陳奇瑜、知府王之柱為之請嗣。後以統兵勤王，擅離南陽，錮高牆。會赦出。性率直，喜詩書，手草傳檄，洒洒數千言。鴻逵請正位；不然，無以壓眾心而杜後起。芝龍意別有在，固爭以為不可。諸大臣多言監國名正，出關尺寸，建號未遲；而李長倩有「急出關、緩正位，示監國無富天下心」一疏，不報。擁入者豔翊戴功，不數日，即定議，即帝位於福州。時閨六月十五日也。
是日郊天，大風震起，拔木揚沙。及駕回宮，尚寶司卿坐馬忽驚躍起，玉璽墜地，損其一角。人咸異之。改福州為天興府，以布政司為大內。大赦，改元隆武。封鄭芝龍為平虜侯、鄭鴻逵為定虜侯、鄭芝豹為澄濟伯、鄭彩為永勝伯。設六部九卿：以張肯堂為吏部尚書，李長倩為戶部尚書，曹學佺為禮部尚書，吳春枝為兵部尚書，周應期為刑部尚書，鄭瑄為工部尚書，馬思理為通政使，鄭廣英為錦衣衛都督。以天、建、延、興四府為上游，汀、邵，漳、泉四府為下游，各設撫按。縣陞府、府陞道，道轉內卿，一命以上，咸與寵錫。於是敷求耆碩，起蔣德璟、黃景昉、黃道周、蘇觀生、何楷、陳洪謐、林欲楫、朱繼祚、黃鳴俊，皆為大學士。改庶吉士為庶萃士，命觀生主之，以招選賢才。又起曾櫻、何吾騶、郭維經、葉廷桂，以次至，皆入閣辦事。其遠不能至者，如王應熊、楊廷麟等，僅列其名。閣臣至三十餘人。然俱閒無事，不令票旨，皆隆武親為之。德璟、景昉、欲揖皆力疏辭，行人以死請，乃至。德璟陛見，首以清屯練軍告，然竟築舍不成。
時內外文武濟濟，然兵餉戰守機宜，專諉芝龍為政。芝龍，泉州人。泉州郡城南三十里安平鎮，芝龍府故在焉。芝龍幼習海，知海情。凡海盜皆故盟，或出門下。自就撫後，海舶不得鄭氏令旗，不能往來。每一舶，列入三千金，歲入千萬計；芝龍以此富敵國。自築城於安平，海梢直通臥內，可泊船徑達海。其守城兵自給餉，不取於官；旗幟鮮明，戈甲堅利。凡賊遁入海者，檄付芝龍，取之如寄。故八閩以鄭氏為長城。芝龍有弟芝虎，勇冠軍，昔征劉香，已沒於海。次鴻逵、次芝豹，一門聲勢，烜赫東南。
芝龍開府於福州，坐見九卿，入不揖，出不送。集廷臣議戰守兵，定二十萬。自仙霞關而外，宜守者一百七十處，每處守兵多寡不等，計十萬。其餘十萬今冬精練，明春出關。一枝出浙東，一枝出江西。統二十萬之兵，合八閩、兩浙、兩粵之餉計之，尚不給。
而粵西有靖江王者，八月稱監國。隆武詔至不服，舉兵將東。廣西巡撫瞿式耜移書總制丁魁楚為備，又檄思恩參將陳邦傳防梧，再檄星調兵止狼勿靖應。靖遣桂平道井濟促式耜入，式耜不允。未幾，靖提兵至梧，命式耜易朝服朝，式耜不從，且以兵脅之，卒不可奪。靖兵尋為丁兵戰敗返桂。時宣國公焦璉為粵西總鎮揚國威旗鼓，式耜授計於璉，而邦傅亦應檄統兵至，並受令，隨擒靖江王及國威與吏科給事中顧奕等，械至福州。王與國威、奕等俱斬於市。以平靖功，封魁楚為伯，晉式耜兵部侍郎銜兼副都御史。
是時浙東亦奉魯王監國。先是，清兵入浙，潞藩以城降。貝勒散布官吏至浙東，且令薙髮。山陰原任蘇松巡撫祁彪佳赴池水死。原任左都御史劉宗周不食死，有絕命詞云：『留此旬日死，少存匡濟意。決此一朝死，了我平生事。慷慨與從容，何難亦何易』。又示婿秦嗣瞻詩云：『信國不可為，偷生豈能久？止水與疊山，只爭死先後。若云袁夏甫，時地皆非偶。得正而斃矣，庶幾全所受』。門人會稽諸生王毓蓍聞變，即遺書宗周，有云：『願先生早自決，毋為王炎午所弔』；投柳橋河死。儒士潘集奔東渡橋，袖石自沉死。儒士周卜年赴東海死。原任大學士高弘圖流寓紹興城外，逃至野寺不食死。時馬士英亦率所部奉弘光母妃至紹興，紹人士猶未知弘光所在。原任九江僉事王思任上疏請斬士英，言『戰鬥之氣，必發於忠憤之心；忠憤之心，又發於廉恥之念。事至今日，人人無恥，在在不憤矣。所以然者，南都定位以來，從不曾真真實實講求報雪也。主上寬仁有餘，而剛斷不足，心惑奸相馬士英爰立之功，將天下大計盡行交付。而士英公竊太阿，肆無忌憚，窺上之微而有以中之。上嗜飲，則進𨤍醁；上悅色，則獻妖淫；上喜音，則貢優鮑；上好玩，則進古董。以為君逸臣勞，而以疆場擔子一肩推與史可法。又心忌其成功，而決不照應之。每一出朝，招集亡賴，賣官鬻爵，攫盡金珠。而四方狐狗輩願出其門下者，得一望見，費至百金；得登一簿，費至千金。以至文選、職方乘機打劫，巡撫、總督見兌即題。其餘編頭修腳、服錦橫行者，不在話下矣。所以然者，士英獨掌朝綱、手握樞柄，知利而不知害、知存而不知亡，朝廷篤信之，以至於此也。茲事急矣，政本閣臣，可以走乎？兵部尚書，可以逃乎？不戰不守而身擁重兵，口稱護太后之駕，則聖駕獨不當護耶？一味欺蒙，滿口謊說，英雄所以解體，豪傑所以灰心也。及今猶可呼號泣召之際，太后宜速趣上照臨出政，斷酒絕色，臥薪嘗膽，立斬士英之頭，傳示各省，以為誤國欺君之戒。仍下哀痛罪己之詔，以昭悔悟，則四方之人心士氣，猶可復振，而戰鼓可厲、苞桑可固也』。又上書士英，言『閣下文采風流，才情義俠，職素欽慕。即當國破眾疑之際，爰立今上以定時局，以為古之郭汾陽、今之于少保也。然而一立之後，閣下氣驕腹滿，政本自由，兵權獨握，從不講戰守之事，而只知貪黷之謀。酒色逢君，門牆固黨，以致人心解體，士氣不揚。叛兵至則束手無策，強敵來而先期以走，致令乘輿播遷，社稷丘墟。閣下謀國至此，即喙長三尺，亦何以自解也？以職上計，莫若明水一盂，自刎以謝天下，則忠憤節義之士，尚爾相諒無他。若但求全首領，亦當立解樞權，授之才能清正大臣，以召英雄豪傑，呼號惕厲，猶可倖望中興。如或逍遙湖上，潦倒煙霞，仍效賈似道之故轍，千古笑齒，已經冷絕。再不然，如伯嚭渡江，則吾越乃報仇雪恥之國，非藏垢納污之區也。職當先赴胥濤，乞素車白馬以拒閣下；上干洪怒，死不贖辜。閣下以國法處之，則當束身以候緹騎；私法處之，則當引領以待鉏麑』。原任山西僉事鄭之尹子鄭謙，殺招撫使於江上，與張國維、方逢年、柯夏卿、宋之普、陳函輝、熊汝霖、孫嘉績等迎立魯王於臺。朱大典亦遣孫珏上表勸進。魯王監國紹興，國維首疏參馬士英誤國十大罪。士英懼，不敢入朝。時逢年、國維、之普、大典俱為大學士。封方國安荊國公、張鵬翼永豐伯、鄭遵謙義興伯、王之仁武寧伯。國安守嚴州，鵬翼守衢州。國維督師江上，賜上方劍行事，子世鳳為平虜將軍。補御史陳潛夫原官，加太僕寺少卿，命監各藩鎮兵馬。七月復富陽，八月復於潛。時兵馬雲集，人治一軍，不相統一，部曲騷然。國維疏請於王，謂『克期會戰，則彼出此入，我有休番之逸，而攻堅搗虛，人無應接之暇，此為勝算。必連諸帥之心，化為一心，然後使人人之功罪，視為一人之功罪』。十月，清兵至。國安嚴陣當之，國維率王國斌、趙天祥接應，追戰於草橋門，會天大風雨，火砲弓矢不得發，遂收兵。清兵營木城於沿江。會閩中頒詔至，諸求富貴者爭欲應之，監國下令返臺，士民惶惶。國維星馳至紹，上疏隆武，謂『國當大變，凡為高皇帝子孫臣庶，所當同心並力，成功之後，入關者王，監國退居藩服，禮誼昭然。若以倫序，叔侄定分，在今日原未假易。且監國當人心奔散之日，鳩集為勞，一旦南拜正朔，鞭長不及，猝然有變，唇亡齒寒，悔莫可追。臣老臣也，豈若朝秦暮楚之客哉』！疏出，議始定，而浙、閩成水火矣。
閩餉不足，芝龍遣給事中梁應奇入粵督餉。應奇往，參遲誤者數十人，命提問亦莫應。潮州知府楊球遂止越界，不敢入。芝龍又令撫按以下，皆捐俸助餉。官助之外有紳助，紳助之外有大戶助。又借徵次年錢糧，又察括府縣庫積年存銀未解者，釐毫皆解。又大鬻官爵：部司價銀三百兩，後減至百兩，武劄僅數十兩或數兩。於是娼優廝隸盡列冠裳，然無俸無衙，空名而已。其黠者倩軒蓋、僱僕役，拜謁官府，鞭撻里鄰。晉江令金允治蒞訟，兩造皆稱職官，則立而語，互毆於庭不可制。受害者延頸清兵，謠曰：『清行如蟹，曷遲其來』！然猶苦餉不足。所招關門兵，不過疲癃數百人耳。
時廷臣請出關者，章滿公車。隆武亦欲躬履行間，而芝龍以缺餉為辭。十月，會曾后至，迎入宮，乃暫止。初，隆武孤身南來，鴻逵以所掠美人十二獻。及后至，乃大興將作，擴構宮殿，卮匜之器，悉用黃金。開織造府，造龍袍，后下體服皆織龍鳳形。后性警敏，頗知書，有賢能聲。每召對奏事，於屏後聽之，共決進止。隆武頗嚴憚之。而隆武未有胤。芝龍乃令子森賜國姓，改名成功。每隆武意所向，成功輒先得以告芝龍。由是廷臣無敢異同者。宰相半出門下。
何楷與芝龍爭朝班，不合，乞歸；中途盜截其耳，詔追賊不得。兵科給事中劉中藻，亦以忤鄭氏去。或密以攬權告隆武，隆武輒責芝龍。芝龍怒，佯謝事；又即固留曰：『此非朕意，乃某人言也』。於是左右無一同心，皆鄭人矣。
丙戌元旦早朝，以足板擲蔣德璟，幾傷。邵武知府吳炆煒、推官朱健移眷他駐，坐倡逃；建陽知縣施㷾為奸胥摘發，坐貪酷，俱駢斬市曹。龍溪知縣謝泰宗以貪參，罰八千金。杭嚴道龔可楷，航海至閩不用，有「𨄥爾蹴爾」之疏，終被賊殺死。而南來亡賴之徒爭上疏談兵，即得召對，片言合旨，賫寶錠，賜官爵。久之漸多，部曹幾及千人。所賞，芝龍亦不應。然隆武心知芝龍不可恃，卒無以制之。
芝龍亦以不出關無以壓眾心，乃分兵為二，聲言萬人，實不滿千人，以鄭鴻逵為大元帥出浙東、鄭彩為副元帥出江西。隆武倣淮陰故事，築壇郊拜而送之。既出關，疏稱候餉，駐不行。月餘，內催二將檄如雨，而切責鄭彩畏縮不前，自有國法在。不得已，踰關行四、五百里而還，仍疏言餉絕，留如故。於是黃道周以師相請募兵江西。江西多其子弟，願俱效死軍前。芝龍不與一錢，隆武給空劄百函為行資而已。道周以劄號召門下得百人，居吉安，與楊廷麟、萬元吉為呼應。出兵徽州，為清兵所擒，械送江寧。道周絕粒不食，積十四日不死。內院洪承疇疏救，言『道周清節夙學，負有重望。今罪在不赦，而臣察江南人情，無不憐憫痛惜道周者，伏望皇上赦其重罪，待以不死』。上不允。尋同中書賴雍、蔡維謹等駢斬於市。
蔣德璟自請行關，確察情形，相機督戰。隆武許之。比至，則疲兵弱卒、朽甲鈍戈，一無可為。德璟告病去。而戶部尚書李長倩以餉不繼憂死。提學御史毛協恭亦憤卒。泉州知府鄒式金見事不可為，擢興永道副使，予告去。吏部郎中趙玉成與尚書張肯堂同籍江南，疏言『臣等生長海濱，請以水師千人，從海道直抵君山，襲取金陵，以迎陛下。計陛下陸行期，會同於金陵』。隆武大喜，亟催芝龍造艘。芝龍笑諾。會有疏水師諸臣宜留其家眷以防逃歸者，事不果。隆武乃決意親征。
二月，駐建寧。楚撫何騰蛟、江右楊廷麟皆有疏迎隆武。隆武意欲往江右，猶豫未定，而芝龍固請回省。省中人數萬呼擁，謂絕天下望。因駐蹕劍津，而任兵部尚書吳春枝留守，晉大學士；辭不受，留駐浦城。
六月，吳炳自江右單騎入關，命以布政提調棘闈，而以修編劉以修為主考官，取中舉人葉瓚等百餘名，猶雍雍太平象也。皇子誕生，群臣賀表，有「日月為明、止戈為武」語。隆武嗟賞，大赦覃恩。鄭氏廝養，俱得三代誥，撰敕者、織軸者日不暇給。當是之時，兵羸餉絕，當事無談及兵事者，舉期如夢如醉，不待識者而知其敗壞矣。
時清朝招撫江南者為內院大學士洪承疇，招撫福建者為御史黃熙胤，皆晉江人，與芝龍同里。芝龍密遣使微行通款。而隆武獨與魯王為仇。都督陳謙奉魯使，與行人林至關。及關，趑趄未敢入，芝龍以書招之，乃入陛見。啟函，稱皇叔父而不稱陛下，隆武大怒，下廷議，皆下獄。芝龍疏救，不許。陳謙者，武進人也。乙酉春，齎弘光詔封芝龍為南安伯。比啟讀券，乃誤書安南。謙謂芝龍曰：『安南則兼兩廣，南安僅一邑耳，請留券而易詔，更晉伯為侯』。芝龍大喜，厚贈而別。及半途而南京變。芝龍素德之。有鎮江錢邦芑者，召對中旨，擢為監察御史，實出芝龍門下，而與隆武親，最蒙信任。密啟隆武：『陳謙為魯心腹，與鄭至交，不急除恐有內患』。或以告芝龍。芝龍謂刑所必經其門，臨期救之未晚。至夜半，內傳片紙，別移謙斬之。芝龍聞，伏尸哭極哀，以千金百布葬謙，為文以祭，有『我雖不殺伯仁、伯仁由我而死』之語。即疏稱『海寇狎至，今三關餉取之臣，臣取之海，無海則無家，非遄征不可』。拜表即行。中使手敕云：『先生稍遲，朕與先生同行』。及之河，則飛帆過延平矣。芝龍既去，守關將施福盡撤兵還安平，聲言缺餉；蓋微聞錢塘信也。
錢塘自丙戌正月至三月，各營皆西望心碎。王之仁上疏監國，言『事起日，人人有垐直取黃龍之志。乃一敗後，遽欲以錢塘為鴻溝。天下事，何忍言！臣今日計惟有前死一尺，願以所隸沉船一戰。今日欲死，猶戰而死，他日即死，恐不能戰也』！三月初一日，清兵驅船開堰入江。張國維命之仁統水師從江心襲戰。是日東南風大起，之仁揚帆奮擊之。國維督諸軍渡江，會隆武使陸清源賫詔至江犒師。馬士英唆國安斬之，且出檄文數隆武過。國維曰：『禍在此矣』！四月，杭州固守，堅不可克。魯王議抽兵屬國維西征；以禮部尚書余煌兼兵部尚書事，督師江上。清朝貝勒王屯兵北岸，以江涸可試馬，用大砲擊南營，碎方兵中廚鍋灶。國安曰：『此天奪吾食也』。更念隆武曾以手敕相招，入閩必大用，即不支，便道可退入滇、黔。五月二十七日夜，遂拔營走至紹，陳兵劫監國南行。二十八日，江上諸師聞報俱潰。鄭遵謙攜貲入海。二十九日，惟王之仁一軍尚在，將由江入海。國維與之仁議抽兵五千，分守各營。之仁泣曰：『壞天下事者非他人，方荊國也！清兵數十萬屯北岸，倏然而渡，孤軍何以迎敵？之仁有船可入海，公兵無船，速當自為計』！國維乃振旅追扈監國。禮部尚書余煌大張硃示，盡啟九門，放兵民出走畢，正衣冠赴水死。六月初一日，清兵渡江。國維行次至黃石岩，方、馬、阮兵斷所過橋，橋下刻大字二行云：『方馬至此，止阮兵往前行』。國安、士英決計獻監國為投降計，乃遣人守監國。守者忽病，監國得脫，登海舶，傳命國維遏防四邑，遂過東陽，治兵再舉；時六月十八日也。二十五日，清兵破義烏，眾勸國維入山。國維曰：『誤天下事者文山、疊山也，一死而已』！二十六日，清兵至七里寺。國維具衣冠，南向再拜曰：『臣力竭矣』！作絕命詩三章，自述曰：『艱難百戰戴吾君，拒敵辭唐氣厲雲。時去猶為朱氏鬼，精靈當傍孝陵墳』。念母曰：『一瞑纖塵不掛胸，惟哀耋母暮途窮。仁人錫類能無意，有歿啣恩結草同』。訓子曰：『夙訓詩書暫鼓鉦，而今絕口莫談兵。蒼蒼若肯施存恤，秉耒全身答所生』。從容具衣冠，赴園池死。興國公王之仁載其妻妾並兩子婦、幼女、諸孫盡沉於蛟門下，捧所封敕印北面再拜，投之水。獨至松江，峨冠登陸，百姓駭愕聚觀。之仁從容入見內院洪承疇，自稱仁系前朝大帥，不肯身泛波濤，願來投見，死於明處。承疇優以禮，命薙髮，不從。八月二十四日，就戮西市。兵部侍郎陳函輝哭入雲峰山中，作絕命詞八首云：『生為大明之人，死作大明之鬼。笑指白雲深處，蕭然一無所累』。『子房始終為韓，穆叔生死為魯。赤松千古成名，黃蘗寸心獨苦』。『父母恩無可報，妻兒面不能親。落日樵夫湖上，應憐故國孤臣』。『臣年五十有七，回頭萬事已畢。徒慚赤手擎天，惟見白虹貫日』。『去夏六月廿七，虛度一年世法。但嚴心內春秋，莫問人間花甲』。『斬盡一生情種，獨留性地靈光。古衲共參文佛，麻衣泣拜高皇』。『手著遺文千卷，尚存副在名山。正學焚書亦出，所南心史難刪』。『慧業降生文人，此去不留隻字。惟將子孝臣忠，貽與世間同志』。又昨自祭文一、埋骨記一，從容笑語，扃戶自經死。禮部侍郎王思任不食死。太僕少卿陳潛夫偕妻孟氏、妾孟氏，夫妻姊妹聯臂共沉河死。兵部主事葉汝
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與妻王氏同溺死。兵部主事高岱絕食死，子諸生高朗赴水死。通政使吳從魯不薙髮死。原任山西僉事鄭之尹沉水死。諸暨諸生方炯、山陰諸生朱瑋赴水死。蕭山諸生楊雪門自縊死。醫生倪舜年正襟危坐磁缸內，命人掩覆，朗聲誦佛死。
清兵至金華，大學士朱大典固守，攻月餘不下，用紅衣大砲破之。大典合門縱火焚死；其子師鄭邠，武進人，亦死。總兵張鵬翼守衢州，標下副將秦應科內應，城破，鵬翼及樂安王、楚王、晉平王皆被殺。督學御史王景亮被執，不順遇害。馬士英、阮大鋮等猶擁殘兵，數請入關，隆武以其罪大不許。馬士英遁至臺州山寺為僧，隨為清將搜獲。阮大鋮迎降，貝勒隨令內院辦事。方逢年、方國安及刑部尚書蘇壯等俱薙髮投順。
是時舊撫田兵及方兵、鄭兵，號三家兵，或離或合，逶迤而南；所至劫掠，或挾婦女坐山頭，呼盧浮白，漫衍嶺界者四、五日。後關門無一守兵，亦無一敵兵，寂如也。又數日，清騎數十，從容過嶺。然清兵入閩，或由建、或由汀、或由福寧，俱走山谷間道出不意，不必仙霞也。潰兵先奔者，焚掠為食。至建寧，科臣黃大鵬、按臣鄭為虹閉城發倉米庫銀以犒，歡呼而去，一郡獨全。八月十七日，清兵至浦，百姓請出降，為虹不可。再請行，為虹又不可。未幾，清兵至，擁見貝勒。眾迫跪，為虹不屈。貝勒嘉其節，不忍殺，且勸薙髮。為虹曰：『負國不忠，辱先不孝。忠孝俱虧，我生何用？寧求速死，髮不可斷也』。明日復召見，責輸餉。為虹謂『清白吏何處可得金』？百姓爭欲代輸，贖以不死；為虹以民窮財盡，持不可，噴血大罵。貝勒下令斬之，為虹大喊奮躍，奪刀自刺胸不死，遂見殺。大鵬同日殉難。為虹義僕陳龍，與標下中軍遊擊原任、浦城千戶張萬明及子都司張翹鸞、都督洪祖烈從死。百姓為之祠焉。
隆武自芝龍去後，乃定計幸贛。八月二十一日啟行，猶載書十車以從，二十四日抵順昌，聞清兵已及劍津，且踵至，倉皇騎而奔，從行者止何吾騶、郭維經、朱繼祚、黃鳴俊數人。已而，何與郭亦散去。
清兵至順昌，搜龍扛，得馬士英、阮大鋮、方國安父子、方逢年連名請駕出關為內應疏，在已降後。大鋮方遊山，自投崖死，仍戮尸。士英等三人駢斬延平城下，家眷百餘口悉給賜兵丁。
清兵過延平而東，獨陳謙之子帥數騎追駕，為其父報仇，及於汀州。時隆武將入贛，因停一日，曝龍鳳衣，是以及於難。並擒曾后及護駕官朱繼祚、黃鳴俊，械至福州。貝勒斬隆武及后於市。繼祚勒致仕，旋為亂兵所殺。鳴俊許授五品官，以老疾辭免。禮部尚書曹學佺、通政使馬思理俱縊死。別遣李成棟、韓固山略定興、泉、汀、邵、漳州等處。九月初八日入泉州，德化知縣陳元青迎降。大學士蔣德璟絕食死之。十五日，至汀州。十月十九日，入漳州。漳州道傅從龍、知府金麗澤以城降，皆仍舊職任事。不三日，鄉兵起，殺從龍、麗澤。
初，清兵未至泉州，鄭芝豹先至，閉城門大索餉，皆計鄉紳家財勒取。不應，即梟首，至縛親家母於庭，抵暮得數萬。又具火手五百，將盡焚城中宮室，以餉未足，遲至明日。俄報固山兵將至，乃奔安平。芝龍保安平，軍容烜赫，戰艦齊備，砲聲不絕震天地。以前遣洪、黃之信未通，猶豫未敢迎師。又自恃先撤關兵，無一矢相加有大功，而兩廣素屬部下，若招兩廣以自效，閩廣總督可得，猶南面王也。貝勒令泉紳郭必昌與芝龍最厚者招之。芝龍曰：『吾非不忠於清，恐以立王為罪耳』。會固山兵逼安平，芝龍怒曰：『既招我，何相逼也』！貝勒聞，乃切責固山，令離安平三十里勿駐軍。而遣內院二人持書至安平，略曰：『吾所以重將軍者，以將軍能立唐藩也。人臣事主，苟有可為，必竭其力；力盡不勝天，則投明而事，乘時建不世之功，此豪傑事也。若將軍不輔立，吾何用將軍哉！且兩粵未平，今鑄閩粵總督印以相待。吾所以欲將軍來見者，欲商地方人才故也』。芝龍得書大悅。其子弟皆勸芝龍入海，魚不可脫於淵，不願降。而芝龍田園遍閩廣，秉政以來，增置莊倉五百餘所，駑馬戀棧，遂進降表。過泉州，大張播告，誇投誠之勳；猶持貝勒書，招搖得官者就議價。十一月十五日，至福州，朝見貝勒，握手甚歡，折箭為誓。遂命酒痛飲，飲三日，夜半忽拔營起，遂挾之而北矣。從者五百人，皆別營不得見，亦不許通家信。芝龍對面作家書數封，皆囑無忘清朝大恩語。而謂貝勒曰：『北上面君，乃龍本願；但子弟多不肖，今擁兵海上，倘有不測，奈何』？貝勒曰：『此與爾無與，亦非吾所慮也』。
芝龍既行，鄭彩、鄭鴻逵、鄭成功皆率所部入海，張肯堂、沈猶龍等亦往舟山依魯王，芝豹獨奉母居安平。芝龍至京陛見，奉朝請。秋，鄭彩、鄭成功復又殺掠漳、泉諸縣，皆破之，汀、邵並亂；據建寧，閩郵為阻。
戊子夏，清兵再入閩破建寧，屠之，直抵漳、泉，鄭兵皆遁入海，至今沿海諸郡猶未得寧。
先是，福州既失，兩廣總督丁魁楚與廣西巡撫瞿式耜會議監國，而閣學兵部尚書呂大器自閩至，原任兵部尚書李永茂以守制並至。式耜首言監國永明王賢，且為神宗嫡孫，應立。永明王諱由榔，桂王之子。初封衡陽，以寇亂，徙寓梧。會桂王已薨，永明猶在衰絰中也；於十月十四日監國，改元永曆，以肇慶府署為行宮，推置僚署有差。魁楚、大器俱為大學士，式耜以吏部右侍郎兼閣學掌銓事；魁楚兼戎政，大器兼中樞，永茂請終制。而福建舊相蘇觀生、何吾騶俱遁回廣東，與布政使顧元鏡於十一月擁立隆武弟唐王聿
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監國，年號紹武，以都司署為行宮。會贛州敗書至，司禮太監王坤趣永曆移梧避之。式耜謂『今日之立，為祖宗雪仇恥，正宜奮大勇以號遠近。東人復不靖，苟自懦，外棄門戶、內釁蕭牆，國何以立』？爭之不得，遂移梧。尋還肇慶。
故大學士陳子壯書達式耜，請力馘蘇，而趣兵東。永曆遣兵科給事彭燿往諭之。燿，粵東人，舊為秦令，有能聲，譬曉倫序監國先後、國家仇仇利害。觀生等殺燿於市，日集兵向肇慶。右司馬林佳鼎督兵靖東郊。東將詐降，陷佳鼎沒於水，東人益獗。式耜疏言：『草昧之初，惟養聖德、修紀綱、慎政教、挽人心、布威武、起用人望、招徠賢俊為首務』。王坤者，固北閹，自南都失而入閩，隆武遣出，茲用司禮秉筆。有戶部郎中周鼎瀚，內批改給事中。瞿式耜力言不可，不聽。以粵巡使王化澄升粵督，尋代佳鼎晉少司馬掌中樞。大器先以病去矣。內批升化澄為大司馬。式耜疏言：『化澄誠賢，有廷論；斜封墨敕，何可為例？請補部疏，尚得體』。蓋汲汲為閹預慮也。
晉永茂大學士。茂守制，僉請專知經筵，不入直。茂疏薦十五人為十五省鄉望。疏上，王坤啟視，殊不悅。未幾，十四人皆硃之，山西道御史劉湘客一斥。永茂怫然曰：『朝廷方以經筵責茂。茂以十五省人進，非私也。斥湘客者，斥茂也』！即日解舟去。式耜疏言：『大臣論薦，新朝盛事，司禮監輒去取其間，無以服御史，何以安大臣』？王坤復疏薦海內碩卿十數人，式耜又言：『司禮抑人不可，薦人更不可』。吏部都給事中劉鼒等疏論：『坤內臣不得薦人』。永曆怒，叱逐鼒等。式耜力持之，得復用。御史童琳參都御史周光夏，越資序，題差用，私亂臺規，非法；命廷杖琳，式耜力救得免。升翰林院檢討方以智為中允，改御史劉湘客為編修，充經筵講官，坤不悅。湘客且疑劉鼒疏出以智手，以智放舟去。時十二月十五日。
清朝總兵李成棟兵薄廣州，命前鋒數十人，以紅布裹頭，扮作廣軍，直至城下，奪門而入。副將杜永和擒紹武並周王、益王、遼王等，盡斬之。蘇觀生伏誅。顧元鏡、何吾騶皆投誠，百姓薙髮歸順。時有石、馬、徐、鄭四姓，聯䑸海上，花山楊光林亦擁眾數萬，水陸交訌，民不聊生。成棟相機剿撫，於二十三日發兵南韶，而親下肇慶。二十五日聞報，式耜請視師，督戰士駐峽口。王坤復請永曆西避之；式耜爭之不聽，遂駕小艇上西峽。丁亥正月朔至梧州。時丁魁楚惑於奸弁蘇聘，從梧西走岑溪。王化澄走潯州。隨行者止式耜一人。是月十六日，成棟克定肇慶，隨發副將楊文甫、張月領兵克取高、雷、廉三郡，即於二十九日一鼓而入梧州。廣西巡撫曹燁出降，梧屬俱遍令納印。及南雄、韶州二府報捷，別遣副將閻可義等前赴瓊州。
二月，永曆抵桂林。式耜肅殿陛，敕守禦，誕告楚、蜀各鎮。粵西居山川上游，桂誠可都，疏請道里之可達桂林者。王錫袞、文安之為相，周堪賡、郭都賢、劉遠生為六卿。時給事中丁時魁疏論新政，烺烺石劃；召掌禮科。給事中金堡素有清直聲，終制，敕召還。何騰蛟晉閣學督師。而丁魁楚在岑溪，屯兵千餘，清朝招之不服。乃水陸設伏，大戰藤江，丁兵敗，魁楚中箭死之。隰江、平樂相繼投順，高、雷、廉三府俱報捷。四月，清兵渡海，克定瓊州。
方警報之疊至也，王坤又趣永曆往楚。式耜上疏，言勝負存亡、山川要害甚激切；略曰：『駕不幸楚，楚師得以展布，自有出楚之期。茲半年之內，三、四播遷，民心、兵心狐疑局促，如飛瓦翻手散而復手合』。又曰：『在粵而粵在，去粵而粵危。我進一步，則人亦進一步；我去速一日，則人來亦速一日』。又曰：『楚不可遽往，粵不可輕棄。今日勿遽往，則往也易；今日若輕棄，則更入也難』。又曰：『海內幅𢄙，止此一隅。以全盛視西粵，則一隅似小；而就粵西恢中原，則一隅甚大。若棄而不守，愚者亦知其拱手送矣』。擎跪涕泣，不可挽；無已，請身留桂。乃命式耜留守桂林，各路悉秉節制。式耜仍疏請暫駐全州，以扼楚、粵之中。
當平樂之不守也，清兵直薄桂林。三月十一日，衝入文昌門，城中大恐。時焦璉自全甫歸，從數人，控弦提刀，與清兵接戰，稍卻之。清兵屯陽朔，遍野俱薙髮。式耜與璉危城孤守，疏詣全，徵安國公劉承胤兵。承胤初從武崗入護，猶持正守法，逐司禮王坤為弄權，面叱周鼎瀚為奉寺鼻息；故雅重式耜，發兵數千援桂。未幾，承胤請金吾郭承昊、馬吉翔、嚴雲從封伯；御史毛壽登駁參金吾無矢石功，何得援邊鎮例晉五等？吉翔等疑疏出湘客指，鼎瀚遂造蜚語，為董卓、㴶、汜之議，激承胤怒，逼永曆立命廷杖，而縛壽登、湘客及御史吳德操、給事中萬六吉於午門外。會諸臣申救得免，壽登等俱落職。承胤益橫，脅劫永曆幸武崗。式耜疏留全陽，曰：『聞郊社禮成，即圖移駕。不知移駕將回桂林耶？抑幸武崗、辰、沅耶？今日原以恢復兩粵為心，則不徒西粵未恢不可移動，即東粵未恢亦且當駐全也』。故承胤等嗾杖湘客等，以湘主還蹕桂林之議也。承胤諸部至桂，挾餉不出兵。式耜搜括庫藏而外，捐囊萬金，夫人邵亦捐簪珥數百。兵卒不肯出，與焦兵主客不和，譁變擊鬥，掠市而去，為五月十四日。永曆竟駐武崗。
五月二十五日，清兵偵兵變，積雨城壞，環攻桂城；吏士皆無人色。璉負創奮臂，呼督師撫按，肘羽腹石，分門嬰守，用西洋銃擊中馬騎。尋出城戰，奮勇擊殺，自辰抵午不及餐；式耜括署中米蒸飯分哺之，士卒俱樂用命。明日，復出戰，清兵旋去。式耜先令路將馬之驥伏於隔江，犄角接應，固圉倍慎。是三月之內，危於清、亂於兵，式耜一手指揮，璉乃得底定。璉久將桂，得桂人心，式耜國士遇之，故獨得璉死力。以保桂功，晉式耜兼太子太師、臨桂世伯。式耜辭不拜。疏上不允，復請告自劾，言『自二月十五以迄五月二十九，此百六日中，遇變者三，皆極危險。變故當前，總辦一「死」字，亦遂不生恐怖、不起愁煩，惟是臣之病不獨在身而在心，不徒在形而在神。身與形之病可療也，心與神之病不可醫也』。又疏再請返蹕全陽，卒不聽。乃督璉恢朔下平。邦傳由賓、柳亦及潯，並復梧。至八月，具疏上言粵西全定，請還桂林，昭告興陵。
時巡道嚴起恆以儀表魁梧，拜大學士。督師何騰蛟駐衡州，堵胤錫駐長沙。詎清朝三王平定長沙，而衡州相繼盡失。總兵黃朝選、楊國棟等被執，尸幾斷流。八月二十四日，武崗復敗。永曆又播越入粵，次柳州。式耜屢疏，極言不可他移一步：『滇、黔地荒勢隔，忠義心渙。三百年之土地，僅存粵西一線。且山川形勝、兵馬糗糧，俱有可恃』。時督師何騰蛟、新輔嚴起恆及劉湘客咸至桂，南安侯郝永忠率兵驟至，宜章伯盧鼎亦至自楚。式耜復疏，極言：『柳州猺獞雜處，地瘠民貧，不可久駐。慶遠壤鄰黔、粵，南寧地偪交夷，不可遠幸』。時騰蛟與永忠、鼎、璉等俱分防任汛。會土司覃裕春子鳴珂與道臣龍文明搆兵，永曆復次象州。式耜與騰蛟、起恆、湘客等籌畫調和主客，集永忠、璉誓於神，刻期出師。宜章鼎與滇鎮總兵趙印選遂各分路駐全。全州戰勝，諸帥連營而軍。清兵因次楚。
十一月，永曆自象州抵桂。式耜與起恆並相。司禮龐天壽七月請催兵下梧，久在粵；舊司禮王坤被承胤逐者復入。自武崗至柳、至象，票擬皆金吾吉翔手也。式耜疏請永曆『攬大權、明賞罰、嚴好惡、親正人、聞正言，威德兼行，以服遠近』。時謂名言。騰蛟再督師出全，兵益不睦。璉下平樂，永忠壁興安。未幾，永忠營被襲，疾至闕，欲撤兵；左右禁近刻期欲永曆遷。式耜持不可，言『督師警報未至，營夜驚，無大恐；二百里外風塵，而遽使主露處耶？播遷無寧日，國勢愈弱，兵氣愈難振，民心皇皇復何依？潮回波逝，雖長年三老能逆挽其戙𣏾哉』？左右禁近周慞不能止。式耜又請曰：『無已，候督師歸。果急，甲士正山立，觀兵皆督戰，咫尺威嚴，勸激將士，背城借一，勝敗未知。若以走為策，桂城危，柳益危。若今日可到桂，明日亦可到南大』。反覆數百言，淚下沾衣。嚴起恆曰：『遲至厥明五鼓』。甫夜半，而永曆已行矣。是戊子二月二十二日也。
時潰兵肆掠，蹂躪公署，職官無一得免。式耜被逼登舟。黎明，刑部侍郎遠生、給事中丁時魁、萬六吉及湘客俱至；蓋湘客奉命安撫亂亡及勸餉糈，而遠生、時魁以召將入也。遇式耜於樟木港。式耜集遠生等入民屋，立草檄分路四發。暫駐陽朔，催璉兵上援。楚鎮周金湯、熊兆佐亦入桂。又檄翰林簡討蔡之俊、大理寺評事朱
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先入桂，宣式耜令。檄按司僉事邵之驊部璉兵，定人心。式耜於初一日復入桂署。督師騰蛟自永寧至，滇鎮胡一青統兵至，璉自平樂統兵至。清兵疑桂城空虛，直抵桂北門。三月二十二日，騰蛟督兵三面禦之，清兵渡甘棠去，督師列營榕江。永曆詔旌式耜，賜銀幣，又賜「精忠貫日」金圖書一枚。式耜念主宵衣，南寧蠻鄉，不可久駐，日為永曆清道；前日所憂在內者，今更在外；督勳鎮將士，直取全州。促巡撫魯可藻下梧。會東人有反歸信，令可藻繕兵以待。會可藻銜自署兩廣。舊例：東撫稱制兼粵西，西撫稱撫。式耜曰：『方今武人多自署撫軍帥，一面帝制輒自命，貽遠人笑。予代疏請銜，曷不可』？周鼎瀚以閣部擅，式耜亦疏正之。
當武崗之亂，言官彈鼎瀚以附承胤入直。式耜司票擬猶不苛。王沂公曰：『進賢、退不肖皆有體。瀚系大臣，應聽自謝免。不謝免而復擅假，毋乃不可乎』？邦傳稱粵世守，牒四飛；式耜疏駁之：『今日晉五等，尚未裂土。海宇剩削，止粵西一隅為駐蹕之地。楚、滇數萬之師，日需食，輒曰世守，豈老成憂國所隱料』？式耜身雖在外，在廷大紀綱，極言力請。疏曰：『臣與陛下患難相隨、休戚與共，原自不同於諸臣。一切大政，自得與聞。廟議可否，眾指所關。本亂而求末治，馬濲阤古耳』。
永曆駐南寧。四月初一日，世子生，冊為太子，赦天下，詔曰「萬喜」。式耜念無講官，經筵不御，石室塵封，何由聞得失。手書八箴於扇，進之。督師騰蛟復全陽，是五月二十七日事也。督師報功疏，不肯自為功，有曰：『為陛下以信臣用臣者，式耜一人也』。
六月，粵東李成棟有反向。明朝報至。先是成棟下廣，收繳印信凡五十餘顆，於中獨取總督印藏之。有愛妾某，松江妓也，揣知其意，因朝夕慫惥。成棟撫几曰：『憐此雲間眷屬也』。妾曰：『我獨敢富貴乎！先死尊前，以成君子之志』。遂自刎頸。成棟抱尸大哭。明日即衣冠，將總督印具疏迎駕。又江右金聲桓據南昌，藏表疏於佛經部面中，遣使賫奏亦至。而粵俱稱全土，式耜疏請往桂，又請永曆勿遽東。又言『事權宜專，號令宜一。茲軍功爵賞，文武署置，決於成棟。若歸之朝廷則中擾，閫外不能專制；聽之朝廷徒虛拱。且楚、黔雄師百萬，騰蛟翹首威靈，如望雲霓。駕既東，軍中將帥謂朝廷樂新復之土，成棟亦有邀駕之嫌。號令既遠，則人心渙散。請一見東諸侯，俾贍至尊音容，面為慰勞指屬，然後責其盡意於東，刻期出戰，咸決於外，不中擾也』。又疏令簡討蔡之俊入迎，再疏令給事中蒙正發迎。永曆竟由梧入肇，先後諸疏俱不報。式耜聞，淚簌簌下。再疏謂：『前日粵東未復，宜往桂以規楚；今日江廣反正，則宜往桂以圖出楚。事機所在，毫釐千里』！吏部侍郎吳貞毓疏請永曆往廣城，式耜乃促遠生入阻永曆。適成棟自嶺還師，修行宮，且迓駕。永曆命遠生詣廣勞師，遠生謂成棟曰：『今駕駐此，爵賞征伐，人疑有私，不可不嫌』。成棟然之，遂罷行宮，止迓駕。成棟具疏言：『式耜擁戴元臣，粵西扼禦定，毋容久於外，應亟召還綸扉』。永曆專命，遣官三、四召。式耜曰：『前日在南寧，桂林危。桂林危，則天下去矣。其機在外，不在內也。今江廣悉定，何公督師下星沙，朝臣且輻至，予不敢忍危而即安』。具疏乞骸。再上，不允。
己丑正月，清兵破湘潭，何騰蛟被執。初，騰蛟檄各處兵馬，齊集湘潭；而命馬進忠等由益陽抄出長沙下，邀截上下舟船，焚掠湘陽，斷絕水道。一只虎率大隊復至長沙，絡繹攻圍。值清朝援兵合至，戰勝於湘潭；騰蛟被擒，斬之。二月，清兵破信豐，李成棟歿於陣，南昌敗書復再聞。先是，聲桓踞南昌，清兵晝夜攻擊破之。王得仁伏誅，聲桓赴水死。於是先後贈騰蛟中湘王、成棟寧夏王、聲桓豫章王。永曆設壇掛帛，皆抆淚親祭。專命式耜留守督師，兼江楚各省兵馬。永州兵再退。式耜疏請兵科給事中吳其靁監各營軍再出。
當永曆駐肇慶，疏奏諄諄，以歲月稍暇，財賦優裕，用心盡力修內治以自固、嚴外備以自強。且積弊之後，易致中興也。一才一藝之士，靡不收羅幕府。每慨人才凋零殆盡，凡
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足而至者，非懷忠抱義之人，亦亂世取功名之士。人之歲月精神，不用之於正，則用之於邪，安可驅為他人用？故人咸以桂林為稷下。
四月，雲南張獻忠養子孫可望遣龔彝之弟龔鼎，獻黃金二千兩、馬四匹，移書求封親王名號。給事中金堡固爭，以為祖制無有。而廣西南寧府與雲南廣南府錯趾，可望來書，有『不允封號、即提兵出戰』等語。陳邦傳恐甚，先封秦王，尋封為荊郡王；可望不受後封。時楚制堵胤錫以楚敗達肇慶，滇營自永、全還桂，與焦兵猜疑生隙。忠貞營自蜀轉戰，由楚至梧，休息甲士。
清朝遣使貽書招式耜，式耜不從。永州再報失利，興寧侯胡一青兵還榕江。式耜復辦糧械，趨出兵屯於全。民力窮竭，誅割無術，槁悴萬狀。永曆聞，為廢食；召廷臣議於慈寧宮，發東餉一萬。
是時清兵圍困曾慶於平和，尋出降，殺之。而詔安等處，一時俱歸清朝。鄭芝鵬踞石榴城，清兵至，隨遁去。劉中藻在福寧，勢窮自縊，福建盡失。惟延、漳、汀三府界連江右，而延平所屬，皆處萬山中。清兵既回，遂立德化王朱慈燁踞將軍寨，先陷大田，繼破龍溪，攻順昌、將樂。至十一月，清兵討平之，王被獲。兵部尚書羅南生等降。
庚寅正月，南雄報不守，寶豐伯羅成耀棄韶州。永曆震恐，戒舟西上。戎政遠生奏自請行清遠，給事中金堡特奏請留，爭之不得。適式耜疏至，曰：『粵東水多於山，雖良騎不能野合。自成棟歸順，始有寧宇。財賦繁盛，二十倍於粵西。衣甲糧餉，內可自強，外可備敵。材官士兵南北相雜，制勝致王，可操券而求。難得而易失，莫此云急。且韶去肇數百里，強弩乘城，堅營固守，亦可待勤王兵四至。何乃朝聞警而夕登舟』？疏再上，而永曆移德慶、抵梧州矣。蓋自成棟首疏文武各還事權，言官正氣宜獎，鹵簿不得干機務，失權者意，故急欲永曆移舟，棄東如屣。時詞諫諸臣，正綱紀、慎名器，多失人意。而御史程源輩以攫官不得，伺權者指，攻其所必去，熒惑永曆聽。下給事中丁時魁、金堡、蒙正發及侍郎劉湘客詔獄。式耜聞報，上疏申救，謂『中興之初，宜保元氣，勿濫刑』。再疏爭之曰：『詔獄追贓，乃熹廟朝魏忠賢弄權，鍛練楊、左事，何可祖而行之』？頒敕布四人罪狀，非永曆意，敕出忌者之手。式耜封還，謂『法者，天下之至公也；不可以蜚語飲章，橫加考案，開天下之疑。且四人得罪各有本末，臣在政府若不言，恐失遠近人望，其何辭於後世』？凡七疏。遣孫昌文入見梧州，陳說粵西民貧食盡軍曲折。時昌文孑身由海上來也，閣試授昌文翰林簡討。
清兵再簿全州，衛國一青兵撤守榕江。時勳帥咸進公，次者侯與伯；桂林牙門相望，號令紛出。十一月初五日辰，報清兵大舉入嚴關。印選、一青、永祚俱以分餉入桂，榕江空壁。武陵侯楊國棟、寧武伯馬養麟方馳出小路軍榕江，兵未戰而四潰。發使趨印選，印選已出城，城中大亂，沿道驅掠。式耜令戢不得，城外潰兵雲飛鳥散。一青、永祚從城外去。式耜衣冠危坐署中，適總督張同敞自靈川回，過江東，不入寓，過式耜署曰：『事迫矣！公將奈何』？式耜曰：『封疆之臣知封疆；封疆既失，身將安往』？同敞曰：『公言是矣！君恩師義，敞當共之』！遂笑與式耜飲。家人泣請身出危城，號召諸勳，再圖恢復；式耜揮去，不從。厥明被執，見清朝定南王孔有德。式耜以死自誓，不復一言。命幽式耜、同敞於別所。式耜賦詩，日與同敞賡和。至閏十一月十七日斬之。其絕命詩有云：『從容待死與城亡，千古忠臣自主張。三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香』。死之日，冬雷電大發，遠近皆為稱異。時給事中金堡已削髮為僧，上書定南王，請葬式耜、同敞。而吳江有揚秇，為具衣冠棺殮，並同敞瘞於北門之園。永曆上南寧，入土州，嚴起恆、王化澄、馬吉翔、龐天壽皆隨去。後未詳云。