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咸豐九年秋，江西、湖南寇漸平。湖北巡撫胡林翼方治軍儲餉，以平寇為己任，而寇帥石大開由貴州窺四川，湖北餉倚川鹽，四川又饒富，獨未被兵，議者皆以防蜀為言；且以曾國藩久治軍，無疆寄，為未竟其用，林翼頻說官文合奏，請詔國藩援蜀，冀朝命授以總督。詔唯令督軍，無後命。林翼又議：「客軍孤懸，愈非計。」安徽寇合捻寇蔓廬、壽，將為楚患，乃改議留國藩合謀皖。分三道，各萬人：都興阿、楊載福循江攻安慶，國藩出太湖取桐城，林翼自英山鄉舒、六。袁甲三時屯臨淮，聞之，以為今楚軍大舉，而安徽兵弱，將驅寇北犯，宜由光山北繞蒙城。具奏以聞，詔官文、國藩、林翼計萬全，謀定而後動。國藩上議曰：「竊號之賊與流賊異。今之洪秀全踞金陵，陳玉成踞安慶，私立正朔，偽稱侯王，竊號之賊也；石大開由浙而閩、而江西、湖南、廣西、貴州，流賊類也，龔、張諸捻分合無定，亦流賊也。流賊當豫防以待其至，堅守以挫其銳；竊號者當剪除枝葉，攻所必救。自洪、楊內亂，凶焰久衰，徒以陳玉成往來江北，勾結群捻，故皖北糜爛日廣，江南賊糧不絕。臣等以為廓清諸路，必先攻金陵；攻金陵必先屯滁、和；取滁，和必先圍安慶。誠能圍安慶，攻廬州，略取旁縣，使其備多力分，何敢北竄哉？且不特不敢北而已，並不敢東顧江浦、六合，蓋竊號之賊未有不竭死力以護其本根者也。中原腹地莫要於皖，固不敢謂石大開必無入蜀之虞，而就大局論緩急，臣自宜回軍援皖，以速蘇民困。」十一月，國藩移屯宿松。
是時，蕭啟江援四川，張運蘭還湖南，獨朱品隆、唐義訓、易開俊、張岳齡等從。而湖北大將都興阿養疾，荊州李續宜告歸湘鄉，多隆阿、鮑超新貴重，皆樂為林翼用，憚國藩嚴，國藩亦不樂二將，皆推林翼節度，悉湖北軍圍攻太湖。十二月，多隆阿又撤太湖圍，屯小池，拒援寇。援寇號十萬，潛山、太湖寇踞城者號數萬，軍事危險。多隆阿意氣自如，國藩憂之，乃悉發己親軍圍太湖，語在《湖北篇》。
十年正月壬辰，湖北軍大破寇，遂克太湖、潛山。二月，寇陷杭州。三月，杭州寇退。李續宜至宿松，定議分三道圖安慶，乃遣朱品隆等進屯集賢關，多隆阿進規桐城，而續宜為後援以助二軍。閏三月，曾國荃來領安慶軍，江南大營軍潰。四月，蘇州陷。詔加國藩兵部尚書銜，署兩江總督。
胡林翼喜國藩得大用，與書曰：「兵事當布遠勢，忌近謀。公言南岸分兵，一由池州取蕪湖，一由祁門出徽、寧，一專守廣信，防江西，此皆內軍也。取餉江西，而惟議厘捐，以錢漕歸巡撫，愚又以為隘矣。以湖南、北為兵之本，以江西為籌餉之本，待三省協防而後謀吳，非一年不能。夫吳、越人之毀譽怨望雖不必問，而吾等悲悶之懷，與吳、越人仰望之苦，最難為情也。吳督之任，以包攬把持、恢廓宏遠為用，鹽漕得人，何事濟？不患貧也。蘇、常失守以後，督、撫、監、司或死或未死，或己補或未補，進賢退不肖，此其時矣。今宜起兩軍，一出杭州，一出揚、淮，先調屯守之平江軍五千馳入杭州，拯其急而取其財，而令次青募五千人繼進，拘守廣信無當也。杭州失，駐衢州；杭州存，進湖州，此平吳之先著已。霞仙、季高當各募六千人，為皖南、揚州之用，或為江西之用，為隨征之用。少泉可治淮上之師，合水陸萬五、六千人，而以多都將馬隊，幼丹宜奏為西藩，二李或寧藩，或蘇藩，則兵餉一家矣。大局安危，視公放膽否耳。近者，葉督兩廣，而不知廣西為何人所轄；何督兩江，而割皖南、割皖北，並割江北矣；福為皖撫，而割南岸棄以予浙江，又割淮北棄以予袁公，其日蹙百里宜也。徽、寧猶完，布置粗定，當鼓行而前，與懷、桐之師會於當塗，然後湖州軍出於蘇、常，揚州之馬飲於江浦。林翼雖孱弱，不覺其言之汗漫也。急脈緩受，大題小作，則恐或不濟。「國藩得書，壯之。然其再出也，行兵持重，必無後顧而後動，謹官守，和眾心，以懲補前失，不能用其議。將進寧國，猶惡其險，乃移駐祁門，乞鮑超全軍以行，而自將朱品隆、張運蘭合萬一千人。五月戊申，渡江。六月癸酉，至祁門，檄李元度募軍三千。左宗棠已奉詔襄辦，則令領五千人。鮑超方還夔，而張運蘭在郴，俱期八月會兵。丙戌，詔國藩補兩江總督，授為欽差大臣。時曾國荃留圍安慶，與多隆阿、李續宜皆為湖北軍；袁甲三屯淮上，自為一軍；巴棟阿為鎮江軍；李若珠為揚州水軍；王夢齡署漕督，為清淮軍；薛煥署總督，為上海軍；張玉良收潰軍退杭州，猶稱江南大營軍；周天受屯寧國，張芾屯徽州，為二軍；江長貴將杭州軍；米興朝防廣德，皆王有齡主之，為浙江軍。皆各專奏，不相咨稟。寇踞蘇州，則東犯松江，西陷金壇，南破嘉興，杭軍退敗，而高淳寇復南出廣德，池州寇東掠旌德涇。蘇、杭人皆謂國藩宜援杭、湖。論者或以為輕騎至淮、揚，則不制於寇，而業已至祁門，則又以為宜急據寧國，當前敵。遣左宗棠等攻廣德，指南陵，合陳大富軍，與楊載福水軍相連，待安慶克而合師。國藩嘆曰：「夫言之甚易，行之甚難。今進無所往，勝無所益，何為而輕舉乎？」八月，召張芾還，以國藩兼督皖南軍，令周天受聽調遣。戊辰，寧國陷，天受死。壬申，以李元度為皖南道，將三千人屯徽州，張芾軍萬人分防諸隘，實不任戰守，軍餉久乏，倉卒遣散，以索餉雜居城中，國藩先議守徽，使朱品隆覘地形。品隆言非精兵二萬不能守，而元度前守貴溪有功，自許能守之。國藩又以元度新軍不能野戰，故浙江請援不赴，俾馮城以自固。元度至三日，土寇散軍結連寧國寇，而旌德寇繞績溪，闌入叢山關，元度急請援大營。時鮑超假歸，無統將，張運蘭方攻旌德，前後為寇所絓，乃以散軍四營往。至則寇已大至，四營潰，還走休寧。徽州城中軍皆大奔，元度遂南走開化。癸未，徽州陷，前皖南道福咸死之。國藩急檄運蘭還，而促鮑超赴軍，自太平南還屯漁亭。寇益西趨，陷休寧，將攻祁門大營。軍中大震，凡前言祁門可屯者，皆更請國藩亟去。國藩度寇必東南窺空虛，乃咨左宗棠率新軍屯樂平。寇果分陷淳安、嚴州。九月庚申，鮑超、張運蘭合攻休寧寇，敗之。十月己卯，南陵寇破黟嶺防軍，陷黟縣城。庚辰，運蘭分軍拒戰，不利。鮑超遣宋國永往攻寇，寇棄城屯盧村。辛巳，增軍大戰，破走之。十月，廣東、西新寇俱出江西，前後趨建昌、河口，陷德興、婺源。池州寇攻建德，敗屯將普承堯。十一月，連陷彭澤、都昌、鄱陽、浮梁。以左軍屯景德，唐義訓自祁門救建德，水軍守湖口，鮑超還助左軍。寇復敗徽防嶺內軍，入黟，分黨掠玉山。休寧寇出攻漁亭。環祁門無安土，屯軍皆斂兵自守。
十一年正月，左、鮑軍合拒寇於鄱、建界，敗之，遂收建德。左軍獨攻寇婺源，前軍陷伏中，戰不利，乘夜引還。鮑超渡江，援安慶圍軍。二月，移建德屯將陳大富軍合左軍屯景德。
寇從鄱陽東侵，左宗棠御之金魚橋，未戰。寇襲景德，破之，大富赴水死。大富前孤屯南陵，有重名，自拔出，頻移屯，未嘗令當敵，至景德十日而死。皖、浙諸軍將如大富者，已號能戰，然其戰守猶不及張運蘭等，故寇恆避湘軍。祁門介寇中，寇去大營二十里輒引去，豈盡虛聲哉？習戰不習戰之異也。國藩之駐軍祁門，本倚江西糧台景德鎮轉運，水軍炮船護餉，以為萬全，至是前計盡虛。左軍退樂平。國藩親屯軍合三萬人，糧運三十日不至，眾乃爭言取徽州可自立，又言可取餉浙江。
先是，休寧寇無故而宵遁，張運蘭久屯休寧城，寇亦不復來，故疑徽州寇弱易攻。三月庚寅，國藩自將祁門軍進至休寧，征黟防軍會師。癸巳，進攻徽州，大雨，軍械多散失。甲午，還休寧。戊戌，復進。庚子，寇夜出驚我軍，軍八營潰。辛丑，遣軍各還所屯，國藩留休寧，誓死守。
時左軍破寇樂平，寇益遣黟、歙黨往尋戰。癸卯，寇悉眾攻樂平城，左宗棠亦悉眾出城擊之，無部分，唯視來寇隊分軍。
短兵接，寇大敗，遂走廣信，趨浙江去。甲申，國藩留軍屯祁門，自將親軍五百人出駐東流。於是婁雲慶、唐義訓防漁亭，張運蘭守休寧，朱品隆在祁門，左軍往為廣、饒，鮑超軍專赴急御巨寇，裁自救，不復論進取。而寇每縱橫馳突，動行千里，北則自英山出，破蘄、黃，遂北踞德安；南則攻建昌、撫州，陷吉安、瑞州；西出義寧，擾崇、通；東則越衢州，陷龍游、湯溪，踞金華，掠遂昌，至義烏，破處州，卒莫知其所為。議者以為謀解安慶圍，或又以寇無略，特乘虛縱掠以為戲，要宜急破安慶，攻金陵，如國藩初議。五月戊子，鮑超至安慶，攻赤岡寇屯，力戰破之，禽寇將劉瑲林，磔城下，以示城寇。瑲林陷蘇、常為前鋒，自恃其勇，欲以孤壘遏官軍，既伏誅，曾國荃軍勢自倍。鮑超移攻宿松，因援瑞州。是日，徽州寇襲陷黟縣，梗漁亭、休寧軍。壬辰，朱品隆等合攻黟，寇退走。丁酉，追寇嶺外。庚子，徽州寇棄城走，得寇聚米，供二月軍食。左宗棠移屯婺源，甫至汀州，寇出德興，迎戰，敗之。
七月丙申，多隆阿桐城圍軍大破援寇於挂車。多隆阿與鮑超皆湘軍大將，寇與戰必悍黨。多隆阿亦自持威重，不喜人節度，不求人自助，亦不輕助人，故寇大上江西、湖北，一月陷二十餘城。鮑超疲奔命，則以李續宜軍游擊。李續宜者，名尤重於多隆阿、鮑超，及行軍，忽南忽北，殊不遇寇。更奏調援蜀將劉岳昭自助，而浙江亦奏起李元度將軍援浙，由平江出崇、通，寇乃東南走。於是寇帥陳玉成合群寇屯挂車，謀覆多隆阿軍，多隆阿擊走之，寇退屯石牌，絕其運道。議者復請征鮑軍，多隆阿笑曰：「吾運道不易絕，比吾軍糧未盡，賊已走矣。」庚戌，鮑超追瑞州寇至豐城。壬子，寇走撫州。八月丁巳朔，曾國荃克安慶。當石牌之被寇也，寇分黨襲國荃屯後，攻戰六晝夜，屯堅不可入。程學啟復攻城外寇，破三石壘。國荃弟貞幹作屯菱湖，合水軍絕寇糧。陳玉成屢敗，不得進，乃相率遁走。安慶既復，文宗崩，胡林翼薨，穆宗立，以彭玉麟為安徽巡撫，移前，巡撫李續宜撫湖北，皆辭，詔還續宜安徽。己未，多隆阿克桐城。庚申，鮑超至撫州，寇走貴溪。辛酉，超奉檄救江北，遂還軍。是日，水軍克池州。丙寅，鮑超至南昌，聞安慶復，復還撫州。寇復得廣東新寇，合大眾將西。丙子，鮑軍至貴溪，寇東走，追奔六十里，平寇壘七十，進復鉛山。多隆阿移桐城軍驅寇宿松、黃海、廣濟、蘄。李續宜收黃州，劉岳昭收隨，岳昭軍遂西。九月，曾國荃進攻無為，克之。戊申，克運漕鎮。甲寅，爭東關，克之。國藩移駐安慶。多隆阿將二萬人收舒城、廬江，進攻廬州。李續宜部將蔣凝學等將萬人屯六安、霍山。左軍屯婺源。張運蘭等屯徽州。李元度新軍出廣信。寇悉赴浙江，而皖北寇聚保廬州。國藩軍分守安慶、樅陽、廬江、無為及運漕鎮、東關，不足，乃令曾國荃益募軍六千，謀進取。而左宗棠議大舉援浙，鮑超、朱品隆等合軍進攻寧國，凡五道並進，軍勢沛然矣。
天子新即位，群臣爭上書言事，多推湘、楚軍功，以為偏裨皆可督、撫，因益重國藩，頗訾論江西、浙江、江蘇巡撫。
詔國藩兼制浙江巡撫、提督以下，統江、浙四省，唯都興阿、袁甲三不隸部中。國藩皇恐，三奏辭，不聽，始議援浙。以江西湘軍將屈蟠、王德榜、段起及水軍孫昌國、徽防將張運蘭，悉統於左宗棠，而以廣信漕糧奏令宗棠徵收餉軍，又分河口、景德、婺源三局厘稅益之。於是，苗沛霖攻破壽州，脅巡撫以要權，遂踞霍邱、懷遠，以窺鳳、潁。十一月，杭州陷，寇分犯徽州。張運蘭先以疾歸，其弟運桂領軍城守，朱品隆、唐義訓還軍赴援。品隆、義訓常合屯，不相能，及俱出軍，隙益甚。
品隆至城下，寇來戰，軍將不支，義訓案兵不相救。國藩聞之，大怒，遣讓義訓曰：「湘軍之所以無敵者，彼此相顧也。湘軍將雖有仇，臨陳未嘗不相援，故有晨參商而夕赴救者。私怨，情也；公事，義也，爾獨不聞知乎？朱鎮危急，三促出軍而不肯應，是亂湘軍之制，而湘軍由此敗壞也。不急改者，將誰容汝？吾行軍十年，視將士如子弟，至於執軍法以誅敗類，必有餘矣。」又下檄品隆問狀。義訓、品隆慚懼相悔謝，同上書謝，請自今輯睦。於是一月七捷，徽州圍解。國藩以軍勢已振，朝廷鄉用專，而浙江全省地被寇，江蘇士大夫朝夕請師，乃奏薦左宗棠、李鴻章、蔣益澧、李桓各授巡撫、布政使，又請命大臣督己軍餉。朝命副都御史晏端書專開稅局於廣州。沈葆楨前屢召不出，至是超擢江西巡撫，乃起視事。而湖南巡撫毛鴻賓，亦國藩舊交故吏，及湖北嚴樹森、貴州韓超，皆胡林翼所薦用，駱秉章督四川，劉蓉以諸生徑用布政使，李續宜、劉長佑則本起湘軍，於是西至四川，東至海，皆用湘軍將帥，則皆倚國藩為重，略如胡林翼書所言「包攬把持」者，東南爭騖於功名矣。
同治元年二月，曾國荃新軍至安慶。左宗棠軍入浙，收開化。三月，上海具輪船至安慶來迎師，以李鴻章率湘軍將及新募舒、桐軍往應之。鮑超克青陽。國荃克巢縣、含山、和州。
鮑超克石埭、太平，寇眾反正者萬人，攻涇縣，克之。曾貞幹克繁昌、南陵。張運蘭克旌德。國荃合水軍進攻沿江諸寇屯。
丁卯，多隆阿前軍將雷正綰等攻廬州城東南門，石清吉等攻西門。寇將陳玉成將援寇屯城東，多隆阿攻其旁壘以致師。玉成恃勇悍，率眾三千來鈔官軍，正綰迎擊，交綏，寇退據城北浮橋。城寇先聞多隆阿至，皆凶懼，惟倚援寇自壯。及戰，開北門出大眾，謀合擊東門軍，方出城、玉成退，則驚以為敗，亦北走。玉成遽斷浮橋遏城寇，使阻水反拒，城寇愈驚，相蹂，繞城散走。石清吉等梯西南以登，城內外寇爭走，於是合蹙之，斬馘數千計，俘八百四十七，拔民男女七千餘人，廬州復。陳玉成走壽州，將乞援苗沛霖。沛霖聞玉成敗，恐襲奪己眾，又畏多隆阿之乘己也，反欲取陳玉成自效。玉成至，屯軍肥水南。
苗沛霖陽稱疾，遣其黨伏謁，迎入城，具牛酒犒三千人者。玉成入，導至館，而閉城阻其從者。玉成初不疑，既登堂，見几上陳梏釒巢，乃司，怒罵曰：「苗生反覆。我死，行及爾，乃自速誅邪！」沛霖遂囚玉成及從者二十人，獻於潁州勝保營，而招誘余寇，寇或降或散去。
當是時，多隆阿之名懾憚群寇，壽、潁弭伏，江南聞風相驚動。國藩飛書約會兵，多隆阿素以文官不可親，且己不識漢文，而亦惡儒吏，即報國藩，言軍事權宜專一，以微示不與曾國荃同處。國藩具言如先約，一聽公指捴。官文揣多隆阿終不欲東，而四川德安諸餘寇俱入陝西，先已奏遣雷正綰赴援，遂再奏令多隆阿自往。陝撫及京朝官亦日言，關中帝王都，天下最要。朝命屬多隆阿。命下，官文益自喜當上意，決意遣之，合軍江寧之謀，不復聽矣。國藩獨嘆曰：「多公威名太盛，寇知不敵，則必入南山老林，此所謂騏驥捕鼠者也。」與書官文，言：「江南財賦比秦中何止十倍，賊數眾多何止百倍。曩者楚軍有大謀，惟以書問往複，不先恃奏取朝旨以相壓。故國藩不奏爭，而上議於左右，宜且止西行，以圖江南。」官文業建議，不肯止多隆阿。留五千人屯廬州，而身將萬五千人入陝西，詔授為欽差大臣，後頻破寇，竟死盩厔焉。
壬申，曾國荃克宣城。癸酉，合水軍克金柱關。甲戌，收蕪湖。五月甲申，進屯雨花台。自向榮、和春以兵七萬，屯守八年，卒潰退，國荃軍合水軍不滿二萬，國藩以為孤縣無益，未可進。國荃議曰：「諸軍士自應募起義，人人以攻金陵為志，今不乘勢薄城下，而還軍待寇，則曠日持久，非利也。若舍金陵，別攻寧國、廣德，或取潁、壽，則將士見謂置於閒地，浪戰而意怠，雖鮑、張亦益厭攻戰，將去公而歸耳。逼城而屯，亦足以致寇，軍勢雖危，顧不可求萬全。」國藩許之。會左宗棠亦言宜薄城，圍攻之勢乃定。
乙酉，上海軍禦寇新橋，大破之。李鴻章之赴上海也，其大將曰程學啟。學啟先陷寇中，安慶圍合，歸誠曾貞幹，約以內應為效。未及期，夜率千餘眾叩貞幹壁門，呼曰：「今事發，與寇戰，突圍至此，追者即至矣。吾所將皆精兵，當入營助守，不以釋兵。公相信者開門納我，不信急發炮擊我，無兩敗也。」軍中大驚疑，報貞幹。貞幹屣履出視，下令開門納其眾。追寇俄而至，亦遂還去。學啟由此願效死，貞幹卒，則從鴻章。是時，上海結英、法二國軍，復青浦、嘉定，攻松江，號南路軍；學啟、劉銘傳、潘鼎新、郭松林將湘、淮入攻南匯，號北路軍。
寇悉眾攻敗外國軍，再陷嘉定，則並南路，窺上海。學啟將千五百人屯新橋，寇夜圍之數十重，炮擊寇屍平壕。踐而登，學啟乃開壁突擊，寇駭卻。鴻章自將來救，前後合勢，寇大奔。
外國軍見其戰。自以為不如，自此上海湘、淮軍始辰。
六月，寧國援寇分三屯，與城寇各踞一門。鮑超先攻城西。
城西者，城寇屯也。城寇倚援輕進，超設伏鈔其後，寇誤以為援至，則反斗，官軍合擊，大敗之，追至城下。寇退死守。乙丑，援寇發南北屯眾攻官軍，城寇出，結陳與相應。超分四軍擊之，宋國永攻南屯，陷陳深入，燒二壘，寇退，而北屯寇棄壘遽奔，城外寇盡奔，城寇收眾人。丙寅，城寇復出東門犯官軍，未戰，引退。鮑超自追之，寇不入，遂東走。超亦東追數十里，寇乃返斗。超引軍作圓陳包寇，寇將單馬突圍走，餘下馬，步從遁去，得馬千匹，俘寇裨將三百，死者千計。乃還軍攻城，城寇皆長跪，莫敢拒戰，遂復寧國。而寧國縣寇將獻城贖其死，遂先驅克廣德。既復三城，或諫超曰：「寧國城未破，而公自追賊至六十里，城寇若攻公營，進有強寇，退失所據，此危道也。」超笑曰：「吾但知兵勢，不知兵書。」蓋超之戰專剽銳，其持重堅忍不如多隆阿，而終未嘗敗沒，其軍在湘軍為無紀律，然亦能相維繫，乃竟以功名終雲。
七月，袁甲三請疾，詔李續宜代其事，時續宜方以母喪歸，語具《臨淮篇》。徽、寧大疫，雨花台圍軍亦多疾病，鮑超等不能軍，國藩憂懼，以為軍行攻取方利，而天災咎重，由己德薄任過，恐致傾覆，請出朝臣督軍，以分己責。詔慰勉，且以疾疫流行寇不能獨強為寬譬。而強將賢吏相繼物故，軍中至無炊煙。乙未，程學啟克青浦，李鴻章遣軍浮海克餘姚。八月丙子，克慈溪。自上海軍出浙江，江、浙兵氣皆振。閏八月，蘇、常寇來攻曾國荃軍，多發西夷火器相燒擊，復穴地襲屯壘，連十晝夜不休。九月，浙江寇復來助攻，國藩急征援兵，皆牽制不得赴。國荃以三萬人居圍中，城寇與援寇相環伺，士卒傷死勞敝，然罕搏戰，率恃炮聲相震駭。蓋寇將驕佚，亦自重其死，又烏合大眾，不知選將，比於初起時衰矣。十月，寇解去，由九洑洲北渡，敗李世忠防軍，陷和、含山、巢。其南走者，合廣德寇，西南掠績溪、祁門，徽、寧、安、廬俱阻絕，唯江上下恃水軍得相聯絡。乃謀增陸軍，征貴州提督江忠義自廣西出江西，視寇勢為戰守；以鮑超部將鄭陽和等隸李榕，立為新軍；留李鴻章軍將張樹聲三千人，助廬、桐戰守；召還李續宜；遣軍將成大吉、蕭慶衍等攻巢、和；又益募五千人，埤曾國荃圍屯。自此統眾過十萬，而左、李各將數萬，合湖北、江西湘軍幾三十萬，自余援軍分佈黔、桂、秦、齊者又數萬，連兵不得罷，國藩日夜憂危，以進攻江寧為非計，乃自行圍案視焉。
二年正月，國藩自安慶出巡諸軍屯。是時，曾國荃屯江寧城西南，江北則楊岳斌將水軍屯烏江，皆當前敵。其南則羅逢元守太平，屯金柱，周萬倬、吳紳修守蕪湖，而彭玉麟將水軍屯濡須，在江北。溧水、高淳寇時來窺太平、蕪湖、運漕、東關寇反出濡須，上與和、含山、巢寇相響應。劉連捷、毛有銘等屯石澗埠，遏寇西南。韋志俊守無為城，以通水軍。其西，廬江梁美材屯焉。廬江北廬州，石清吉守之。舒城在廬州西南，廬江西北，蔣凝學守之。舒城南桐城，周寬世守之。以南通、安慶、舒城西北六安，凝學分軍守之，北防苗沛霖，南通霍山，為湖北邊防。蕪湖南則鮑超守寧國，屯高阻山，而劉松山屯城中。易開俊守涇，在超軍西南。吳廷華守南陵，在超軍西稍北，在涇西北。朱品隆先守旌德，以救青陽故移守青陽，在南陵西南。又西則池州，以瀕江近安慶，無屯軍。寇踞建平、廣德、寧國縣者，西出陷旌德、太平、石埭，南破績溪，斷徽、寧官軍。徽州守將唐義訓，恃左宗棠大軍為聲援。戊申朔，寇圍涇。壬子，鮑超救涇，入城屯軍。癸丑，出擊寇，大破之，追奔二十里。甲寅，超還屯。二月，國藩還安慶，以曾國荃圍軍堅定，水陸輯睦，始罷退軍之議。丁丑朔，王可升攻寧國寇，燒其小淮窯屯，鮑超分攻梅領、廟埠屯，皆破之。寇犯休寧，分掠建德，西侵彭澤、鄱陽，東繞池州，圍青陽。和、巢寇攻石澗官軍，自己卯至癸未，圍益急。捻寇復南犯蘄水。辛卯，寇攻太平屯將朱洪章，洪章戰敗。南北岸同告急，均檄鮑超赴援。超疑所住，乃先石澗。未至，寇解去，掠無為、舒、桐、廬江、六安而還。上海軍浮海攻福山寇屯，破之，遂解常熟圍。三月，進克太倉。左軍將劉典、江西軍將王沐攻寇黟，復其城。四月，劉連捷、蕭慶衍等合鮑超軍，收巢、含山、和。曾國荃攻破江寧城南、西寇壘九，程學啟克崑山。五月，鮑超等進攻浦口，寇棄屯遁走，遂收江浦，合水軍攻九洑洲，四日破三隘，奪洲屯，語在《水師篇》。蕭慶衍留屯江浦。上海軍攻江陰，劉鉻傳破寇屯二十七，郭松林破寇屯三十五，滕嗣武寇屯十三。
六月，程學啟克吳江。苗沛霖陷壽州。奏劾軍將蔣凝學及逗留成大吉等，降責有差。國藩以餉乏，辭總督，詔慰勉。國藩、李鴻章合奏，請減蘇、松、太倉浮糧，詔酌中定額，除故明積敝。李鴻章分軍三道：程學啟由崑山進攻蘇州；李鶴章等由江陰進無錫，淮揚水軍輔之；太湖水軍將李朝斌由吳江進太湖。潘鼎新等分屯松江、上海，常勝軍屯崑山，為前軍援。徽、池寇自二月出江西，中踞建德、鄱陽間，左窺景德，右出東流、湖口。江忠義未至，席寶田先出撫州，趨饒州。劉典自徽州來總諸軍，諸軍將段起、王德榜、王沐、韓進春及寶田攻陶渡寇屯，大破之。丙子，進春輕出，遇伏敗退。寇復張，趨攻湖口。
國藩先遣李榕屯湖口，及江忠義至，壁堅山。李榕新軍拒寇不利，寇攻堅山，忠義出擊之，傷寇帥。壬辰，浙軍將王文瑞復黟縣。庚子，遣寧國防軍將何紹彩及水軍炮船援臨淮，蔣凝學等防潁川、霍邱。七月丁未，湖口寇退走，都昌、建德、彭澤、鄱陽寇俱東北走，圍青陽，銅陵、寧國、涇皆被寇，屯將拒戰，各相持。八月乙亥朔，劉銘傳攻江陰，寇內應，官軍夜登城，燒門樓，余寇突門走，復其城。丙戌，李榕援青陽，敗潰。江寧圍軍攻城南、東、西寇屯，頻破之，乃遣鮑超還援。而水軍將喻俊明及國藩護軍將喻吉三，合江忠義、席寶田軍先後至青陽，刻期攻寇。寇解圍走石埭。超軍至南陵，遂東攻建平。庚寅，程學啟攻蘇州，破東南寇屯四。無錫寇貨輪船自助，周壽昌燒其輪船。石埭、大平寇頻犯寧國、涇，敗去，乃詣朱品隆，請獻二城及旌德以自贖。九月壬子，收三城，散遣歸誠人四萬。
彭玉麟督水陸軍攻太平沿江諸寇屯，進高淳，高淳寇將請歸誠。
十月乙亥，收高淳。鮑超、楊岳斌俱會師東壩，寇震恐。丙子，易開俊自涇、劉松山自寧國合軍收寧國縣。東壩寇開屯迎官軍。
辛巳，收東壩。壬午，連下建平、溧水、東壩。既克皖南，金陵蘇、浙軍勢相連，鮑超全軍屯守之。王可升守溧水，李榕守建平，歸誠人洪容海守高淳。青陽、石埭、太平、旌德、涇及寧國府，皆分軍屯守。
戊戌，李鴻章復甦州。蘇州之合圍也，程學啟軍所至輒破寇壘。城寇諸將權不相下，相猜貳，因謀反正，斬導議者，開門納軍，然不交兵，猶擁眾號十萬。己亥，出城者八寇將竭鴻章，受二品冠服。乃謁學啟，學啟先已置人於坐，數其罪，悉引出斬之。報鴻章，鴻章大驚懼。學啟入城諭眾，眾皆聽命，或頗散走。而先與寇將誓約者曰副將鄭國魁，恨負約，涕泣不食，臥三日。鴻章亦頗咎學啟輕發，且曰：「為已甚，君亦降人也。」學啟大怒，還營，將引軍去。其營員奔告鴻章，鴻章復過學啟，陽論他事，笑語甚歡，事乃解。
庚子，安徽巡撫唐訓方收懷遠。辛丑，苗沛霖突蒙城圍，被斫死。十一月，李鶴章等復無錫，進攻常州，以應江寧圍軍。
程學啟出太湖，圖嘉興，以應浙軍。潘鼎新等軍先入浙，收平湖、海鹽。寇爭應官軍，所至輒下，遂收嘉善。曾國荃益募新軍，增圍師，圍城官軍遂至五萬人，援寇還江寧城者皆不敢出。
左宗棠議以為當分軍攻廣德，國藩以寇勢猶盛，而江忠義新亡，懼軼蹂江西，持不許。李鴻章諸軍銳進深入。宗棠復奏言：「嘉興、常州可緩攻。」朝廷俱下其議，三帥卒各主己說，守其便宜焉。
三年正月戊申，寧國寇西南掠績溪，遣江北將毛有銘將六千人援徽州，浙軍將王開琳先還赴急。寇疾走，舍徽州不攻，北犯湖口，南趨景德，別黨由浙入玉山，由閩入建昌，均期會撫州。徽州守將唐義訓不能御，毛有銘未至，以戰事委江西，語在《江西後篇》。
戊午，曾國荃攻鐘山寇屯，克之。時東壩屯重兵，太平防輕，移金柱屯軍助圍師，及江浦，廬江守將皆先率軍會城下，新募軍亦俱集，乃謀合圍。寇之設守也，環城多為石壘，尤重於北，既於鐘山作大城，號曰「天保」，又於山脊入城處作大城，號「地保」。官軍攻城西南，不甚懼，至進屯明陵，則出眾力爭之，向榮、和春皆以此敗。二年夏，鮑超已作壘明陵前，會當移軍，自平壘而退。國荃圍攻幾二年，破寇壘以百數，終未及城北。及破鐘山壘，移軍屯守，更增築壘，屯軍五六千遏北道，余玄武湖阻水為圍，城寇糧運絕矣。
丙寅，郭松林等克宜興。二月癸酉，溧陽反正。寇走江陰，圍常熟，攻無錫。李鶴章還守無錫，郭松林援常熟，寇皆敗散。
程學啟急攻嘉興，寇請降。學啟瞰城中，知其詐，攻益力，陳亡勇將何安泰。學啟親搏戰，薄城先登，槍子傷額，遂克之。
學啟養傷蘇州，創已合，一日獨坐深念，有所忿，誤發創口，血溢，竟死。自學啟之歸誠，經百戰，每戰料勝敗無所失。或知當敗則戒諸將曰：「公等皆不善敗，吾當自餌賊，某時敗，某時期某所來援，賊可退矣。」諸將素憚服其能，謹如約，則如所言。至其突陳陷圍，見者以為神兵，夷將戈登尤敬之，及其死，以所建旗歸詫海國，推為名將焉。江蘇之戰始上海，終嘉興，功成而學啟死，其名位亞於多隆阿矣。
辛巳，廣德州寇棄城走湖州。自蘇、杭、江寧軍並進，論者皆以廣德為要害，以官軍力不足不敢攻，惴惴恆恐寇迸出。
及寇棄去，乃知其無能為。始議鮑超進攻句容。其時，李世忠已獻還五河、天長、全椒、來安、六合、滁州，而鎮江軍將馮子材等，亦頗出兵助攻句容、丹陽。江寧寇頻驅老弱女口出城以節食，更於城中種麥刈草為糧。庚寅，左宗棠克杭州。三月壬寅，鮑超克句容。甲辰，進攻金壇，馮子材飛書請先攻丹陽。
乙卯，解金壇圍，伏兵茅山待追寇。寇果出，中伏返走，追奔五十里，寇不入城，城寇反出走。丙辰，克金壇，乃還軍援江西。是時，浙江寇走徽州，號二十萬。徽防將毛有銘出戰，輒敗。寇深入江西，前隊至宜黃、崇仁，南昌戒嚴。四月庚午，李鴻章克常州。壬申，馮子材復丹陽。特詔楊岳斌督軍江西，尋援陝甘總督；又詔李鴻章移師合攻江寧。捻寇自河南犯麻城，議遣王可升屯王為。李榕屯桐城。未行，寇復踞廣德，趨徽州者日夜相繼。楊岳斌、鮑超皆西援，乃以江蘇軍將劉銘傳屯句容，鄭魁武屯東壩。
五月壬戌，郭松林克長興。於是，江寧圍軍以城破可計日，而李鴻章當來會師，恥借力鴻章；鴻章亦讓功，託言盛暑不利火器，延不至。朝命促會師數急，曾國荃憂憤，日約將士穴地隧城，期必破，而龍膊寇屯所謂地保城者不得，則形勢終不便，乃日夜發炮攻之。己巳，奪其壘，遂作炮台其上，穴其下，又環城列隊十餘道並攻，積濕蘆、沙草高等城，以疑寇，使多備。
六月甲申，地道成。乙酉，曾國荃令圍軍百營皆嚴備，別縣賞募敢死將士，待城破先入，於是李臣典等誓先登者九將。日午，地道火發，城崩二十餘丈。寇反然火藥下燒我軍。朱洪章等乘城缺登，張詩日等循城據北門，彭毓橘據東門，朱南桂、羅逢元等皆梯而登。寇散走，或出城，或還保子城。夜半，縱火燒城中，因突圍出走。黃潤昌等露立龍廣山，袁大升等循城南，遇逃寇要擊，誅斬數百。張定魁等追寇，及之湖熟，復俘斬數百人。城寇多自焚，或投池井。洪秀全已前一月死，其子洪福年十八九，余寇挾之走廣德。洪福刻印，姓名下列「真王」二文，軍吏誤合二文為「瑱」，奏詔言「洪福瑱」者以此。江寧既復，群寇出掠者皆瓦解。國藩奏上諸將功，以所俘寇將李秀成言，洪福已死；於是浙江、江西諸軍方欲張寇勢，洪福又實不死。李秀成者，寇所倚渠首。初議生致闕，及後見俘寇皆跪拜秀成，慮生變，輒斬之。群言益讙，爭指目曾國荃。國荃自悲艱苦負時謗，諸宿將如多隆阿、楊岳斌、彭玉麟、鮑超等欲告去，人輒疑與國荃不和，且言江寧鎡貨盡入軍中，左宗棠、沈葆楨每上奏，多鐫譏江南軍，會病疥，因請疾歸鄉里，散遣所部軍二萬五千人。而克城功最受封爵者，李臣典病卒，蕭孚泗以喪歸，大功雖成，然軍氣憤郁慘沮矣。
國藩本以憂懼治軍，自幸平洪寇，克江寧，如初起兵時所望，力言湘軍暮氣不可復用，主用淮軍，後以平捻寇。然席寶田、左宗棠仍募湘軍征苗、回，竟定塞外，棱威天山，烏睹所謂暮氣者邪？自國藩始創用鄉農代額軍，招之則來，麾之則去，見湘軍者乃知軍利敝。胡林翼、左宗棠、李鴻章皆由此起，故各系其用兵之地，而獨以國藩本指，為《曾軍前、後篇》。