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咸豐二年冬，湖北巡撫常大淳奏言：「寇水陸攻武昌，船炮充斥。聞湖南大軍有廣西炮船，江南水師有廣艇炮船及中小號炮船，請調集江上下游，乃可制遏賊勢，斷其糧運。」詔徐廣縉等飭行。時武備弛，徒存水師名，無船也。徐廣縉奏，有盧應翔以炮船戰於長沙，長沙人未之聞，及詔問乃知雲。陸建瀛防江，有大小三版八槳船。向榮奏遣張國樑率湖南炮船。所謂湖南炮船者，以民船載炮。詔征登州水師船，亦募商舟。及寇破武昌東下，連舟數千，皆商舟也。祥厚奏言，江寧留船十，以分防蕪湖、梁山已足矣，其不知水戰如此。
三年春，九江陷。向榮奏調外海戰船快蟹、大巴百餘，取海道至江南，又調上海道吳健彰領拖罟戰船、溫州總兵領頭莽等船備水戰。而麟桂以練習船炮名，及李德麟、吳全美之徒稍有聞矣。五月，寇既北渡淮河，南圍南昌，御史黃經上書言兵勢，始請吳、楚、蜀疆臣各造船練士，乘流攻寇，乃指名及湖南。其時道路阻塞，朝報不時至，詔飭駱秉章，秉章以力所不及，又凡言官論列，例不行，未甚省也。曾國藩聞湖北戰船敗於田鎮，謀守湘，乃試連木筏載炮橫湘水。十月，詔國藩督練勇援武昌、漢陽，始命率船炮赴下游。而國藩亦先于衡州治水軍，訪船制，皆不知其狀，筏成，不可用。羽檄征軍日數至，人人以逗留為疑，乃嘆曰：「今寇往來陽邏，湖南、北所費殆二十萬，彼縱橫江湖，非舟檝無與爭利害。且成師以出，當為東征不歸之計，九江以上，千里如洗，奈何以倉卒召募之眾，執蠱脆之器，徒步三千里，以當虎狼百萬之強寇乎？」水師守備成名標者，頗能言船炮事。國藩亦自以意，用商船改造為長唇寬舷，試發炮，果不震。而資費無所出，乃奏截留大營粵餉銀八萬，興水軍四千，船二百。其大自五百石及千餘石，炮自二百斤至三千斤，又推五日競渡船意，為短橈長槳如蛇足，以人力勝風水。奏征右江道張敬修率戰船，不果來。而同知褚汝航奉檄代敬修，造長龍戰船於湘潭。先成名標于衡州造者，曰快蟹、三版、閩、越船制略備矣。然非有法，直以意消息，屢改乃成。其軍亦募操舟人為之，增設炮手；其統將，國藩自主之；其裨將，亦號營哨官，純用儒生、農氓，或陸營弁丁；其經營尺寸輕重之度數，皆自慮度之。而總督吳文鎔，頗與同心，時相商定焉。
四年二月，船成，凡大小二百四十，輜重炮船百二十，輜重民船百，水軍五千，分十營，設糧台舟中，器物食用工匠畢備，合陸軍五千，發衡州，浮湘東下，軍容甚壯。當是時，吳文鎔以促戰先出，敗死，湖北水軍盡散。而寇入洞庭，步上犯寧鄉，及遇水軍下，寇遽退，湘陰、岳州皆復。三月，寇復上，岳州防軍潰，賴炮船以免。丙午，大風壞船，漂損大半。
戊申，以陸軍敗還長沙整軍，寇遂上犯，屯靖港，及湘潭城，腹我軍。當是時，寇若從湘潭上游，乘春水攻省城，及從靖港乘北風來攻，皆不過行二十刻，勢危急。我軍聞吹角及火光，皆自驚，寇竟不來。四月己巳朔，塔齊布援湘潭，戰勝。
報未至，軍中議曰：「陸軍敗，皆潰，死矣。宜及軍士心未散，率水軍進攻，水陸交爭，冀一當。」於是議所鄉，用水師營官彭玉麟定計，全軍上攻湘潭，四營夜發，約明日國藩帥四營繼之。比至湘潭十里止，偵者還言，塔齊布已大勝，乃約水陸循城進攻，盡收所掠商船，百貨闐委。彭玉麟計軍士貪虜獲，必懈，乃悉縱火燒船貨。火延岸上，光燭數十里。寇先本在舟中者，倉卒不得走，雖亦發炮相拒，不能水戰，傷溺者千計。城寇失計，棄城走。燒寇船之日，國藩帥四營下攻寇靖港，敗還，城中大震，得湘潭水陸捷書，乃大定。五月，寇陷常德，水軍船方艌，巡哨小船莫能救，然寇益不敢入湘。
六月，山東登州總兵陳輝龍，自廣州來會師，廣東遊擊沙鎮邦，從廣西道員李孟群自桂林來，亦將水軍，水軍益盛。庚辰，髮長沙。甲午，渡湖。前隊營官褚汝航、夏鑾、彭玉麟、楊載福、鄉導官何南青將二千人，遇寇湖中，遂屯萬石湖。丙申，分五隊：蘇勝將先鋒船趨南津，夏鑾繼之，彭玉麟伏船君山，楊載福伏船雷公湖，何南青建旗吹角列陳於後。寇掠商舟載炮陳南津，持不進。三版小船趨港中，寇爭出，三版陽卻誘之，寇舟連檣上，玉麟等鈔之。商舟旋轉不利戰，退則相撞礙，燒沉百餘舟，奪舟三十四、炮十三。其夜，南津及城寇潛遁。
七月己亥，屯南津。庚子，寇復上，巨め乘北風以壓三版。三版斜進，擲火燒寇，火藥煙蔽江。寇斫其舟工，舟工愈亂，遂敗去，追奔七十五里，奪寇大舟七十六，自是寇不復上。壬寅，攻之雷鼓台，寇依岸自保，進攻多傷。會暮，軍懼。楊載福曰：「今退，我船不滿百，寇十倍我，敗矣，非冒死出奇不得免。」躬乘三版，沖寇屯直下。彭玉麟中炮傷，竟燒寇後舟，寇爭還救，乃大亂。載福自此以勇略名，與玉麟皆為水軍名將，而陸軍有塔齊布、羅澤南。塔、羅、彭、楊，軍中無與為比。壬子，陳輝龍將後隊至南津，聞彭、楊等戰勝，則以為寇不足破。
癸丑，自將攻城陵磯。湘軍頗疑南風下水難退，輝龍曰：「吾習水戰三十年，諸軍無以為憂。」平旦，發炮遂行。廣東軍旌旗鮮明，刀矛如霜雪，洋裝銅炮震山浦，諸軍皆自失，以為不及。褚汝航、夏鑾請同行，楊載福亦乘小船往觀戰。沙鎮邦先進，寇舟拒戰，敗退。輝龍乘拖罟大船至中流，舟膠，寇伏舟齊出。鎮邦船已逼寇屯，不得還。諸小船來救輝龍，水急風利，返吹俱下。寇依岸遏我軍，欲登陸則逼寇，發炮恐傷前船。寇爭來奪船，汝航、鑾、鎮邦赴水死。輝龍陷寵，軍覆，船炮盡喪。寇乘拖罟還城陵磯。拖罟者，閩、廣水師大艦也。國藩初造船無之，輝龍至，乃造二拖罟，其一以獻國藩，其一自乘之。
既敗，水軍損失大半，然自此益知水戰利害。
閏七月戊辰朔，李孟群再攻城陵磯，小利，而陸軍大捷。
己巳，楊載福等知寇將遁，出要其舟。寇皆乘小舟下走，而鑿所得拖罟船，沉之江中。辛未，悉平寇兩岸炮台，搜螺山、倒口、六溪口，入黃蓋湖，還收嘉魚，復蒲圻，遂會湖北軍。甲午，進屯金口。八月巳亥，王明山下窺鹽關，寇水陸圍之，三版六，拒寇舟數十，突圍出，傷兩人耳。甲辰，楊載福巡沌口。
丙午，湖北陸軍攻漢陽關，未戰，軍潰。李孟群艤岸擊寇，陸軍得不敗。己酉，國藩來視師，遂登小軍山，望武昌、漢陽寇屯，寇來襲，敗去。丁巳，燒鹽關寇船二百，沿江寇壘九。戊午，楊載福等沖寇屯，攻塘角，遂至青山。寇炮擊之，三版人皆露立，棹船徐進，有俯首避鉛丸者，眾目笑之，以為大恥。
水軍之初立也，謀避炮，百方皆弗良。至是，諸言避炮者盡絀。
寇從城上望見，相顧失色，縋而逃者日殺百數不能止。明日，武昌寇棄城走，漢口、漢陽寇皆乘夜具舟遁。武漢之復不勞力，由創水軍，使寇震怖無策，故千里無留行焉。下江屯寇聞之，凶懼，以水軍不可與爭鋒，則據江險，悉眾屯田鎮。九月丙子，前軍攻蘄州，寇馮城不敢出，陸軍後，屯湋源。
十月丙申朔，會陸軍于田鎮。寇壘連四十里，夾江為五屯，據半壁山，鐵索纜江，連舟承其下，上作大筏，列炮橫中流，守以炮艦。其下游寇舟五六千，率掠遏商民船，以供運載。自江寧陷後，通江諸城鎮無寧日，以此也。己亥，羅澤南等攻山，大破之，縋崖下斫江瑣。明日，瑣復續。國藩令曰：「水軍牽於蘄城，蘄寇舟、城相掎角，形勢不便。宜分船衝下游，得至半壁山，合陸軍而屯，破賊必矣。」癸卯，彭玉麟、楊載福順流移屯蘄，寇戰艦不能追，唯發炮與岸上炮迭擊。哨官蕭世祥中炮死，軍士多傷，竟下，下十五里止。乙巳，蘄舟寇乘西風走保田鎮。丁未，進屯見峰，距癸卯屯十六里、田鎮九里。玉麟、載福間行入塔齊布軍，謀合攻，還，分船為四隊，戒曰：「各有司，誤者斬！待令而後動。」備爐鞴椎斧炭剪於頭隊船，劉國斌、孫昌凱領之。昌凱，故鐵工，習冶鍛，令專斷鐵瑣。
戊申，水、陸軍大出，玉麟戒昌凱曰：「毋發炮，毋仰視，直趨鐵纜下，彼筏上炮一發，船乘流已下矣，吾親為公拒寇舟。」 遂將二隊出戰，楊載福將三隊待瑣開，留四隊守屯，以防寇鈔。
寇恃炮，以為船不能近纜。及國斌等直下，玉麟繼進，寇舟未及移，環擊之。燒二舟。國斌椎瑣下鉗，鉗落筏空；昌凱鼓鞴冶瑣，瑣斷纜開。筏上寇潰走，溺水、被斫死者無算。楊載福候纜開衝下，下游舟中寇愕，不知何軍，乃從篷上望之，或有覺走者。舟連數十里，走輒絓而止。載福直進至武穴，乃回船擲火燒而上，玉麟燒而下，於是東風起，載福乘風，玉麟乘流，天明合軍俱還。寇舟燼，岸上寇已夜走，蘄寇亦由陸遁走廣濟。
甲寅，前軍至九江。田鎮已破，湘軍水師名天下。文宗采其戰法，手詔宣示江南北諸水軍。江南北水軍師艇船不諳戰，續征紅單拖罟船，皆待風乃行，所至淹留。而江西亦造戰船，頗用湖南船制，以無將領，輒敗退。湖南在籍官丁善慶、陳本欽、唐際盛、李概等，始捐貲設船局，而黃冕專制炮，以應徵軍。言船炮者，莫能及湖南焉。然太鋒銳，深入要利，卒以至敗。
寇距九江城，於湖口梅家洲作堅屯二，與城相鼎峙，北屯小池拒陸軍。辛酉，李孟群等攻城。城北洲壘大設炮，旁維大舟，小艇環衛之。孟群先攻其大舟，戰不利，蘇勝、鄭沐中炮死，李金梁船沉溺於江。寇既見官軍水戰法。亦並力於水戰，多造小艇，依大舟以出。方冬風壯，江水湧起，戰船苦震簸，寇又循岸射火燒船，軍日夜危苦，思番休，而陸軍以克城在旦暮，方日日言戰。十一月戊寅，塔齊布破孔龍寇屯，己卯，小池寇遁。北岸既得，遂圍九江，寇悉眾保湖口，彭玉麟等扼江與相持。丁亥，寇載火夜燒江外船，李孟群列隊待之，火舟至，鈎放溜中，終不得近。十二月辛丑，彭玉麟等攻湖口寇筏，破之，士死傷相積。寇亦殊死斗，其筏上作木樓，馮樓發炮，樓傾，或飛投江中，泅而走，其堅悍若此。丙午，蕭捷三等以寇屯湖口，梅洲堅實，慮其掠鄱湖內犯，通資糧，率輕船闖姑塘，諸勇銳爭從之。既入，乃不見一寇，會暮，止屯。寇瞰大船勢孤，出小舟二十攻坐營，都司史久立戰死。寇小舟循官軍大船間，拋火焚快蟹九、長龍七。諸軍三版大半入姑塘，無鬥志，乃夜還九江大營。時楊載福養病武穴，聞敗，還爭湖口，不利。
寇復北渡，踞小池。己未，湖口陸軍亦退保九江，其夜，小池、九江寇負小舟數十，直犯國藩拖罟大船，國藩慬而免，水軍遂大亂。入姑塘者方益進至南康，聞坐營潰，退還，望湖口寇已作兩浮橋，通岸往來。捷三等乃遂取食吳城，因襲都昌寇舟，破之。然無統將，且輜重阻絕，漂泊章、鄱間，有船百二十，人三千，為客兵，而外江、內湖水師分，實始於此。外江自己未夜潰，俄而寇從廣濟追楊霈至漢口。
五年正月丙寅，李孟群以船五十還救武漢。戊辰，大風損船四十餘，船不能軍，乃令彭玉麟等溯江，名援武昌，而修船新堤。國藩自是入陸軍。未幾，移屯南康，就蕭捷三等取船江西，立內湖水營，而江西糧道鄧仁堃主製造。二月，寇陷武昌。
自是寇專力陸道，故城陷不能救。三月，湖南益發新船百餘至金口，彭玉麟募軍實之，合舊水軍為三千人，與湖北巡撫胡林翼陸軍相輔。四月，王國才進攻漢陽，將築屯，寇前後鈔之。
玉麟望陸軍已被圍，舍船登岸反鈔寇，多斬獲，寇乃散走。六月，楊載福自岳州增募船軍，合先屯為十營。內湖蕭捷三等增軍屯南康，為八營。楊載福既至金口，則議攻寇武昌，以李孟群所部弱，留孟群將陸軍守金口，而林翼及玉麟先入漢，攻蔡店。玉麟以小船入沌，掠赤野湖東，而北絕漢至溳口，順流東還，北破宗關石壘，南攻漢陽寇舟，岸發炮不得近，遂北攻漢口。寇舟乃出，溯流上，欲鈔我，夾擊之，奪其舟九，出漢口，攻寇浮橋，燒寇舟三百。凡三日，寇不出。楊載福自外江來會師，同出江屯沙口。沙口者，武昌下游三十里，至沌口六十里，還沌口當從武昌、漢陽城下過。載福之出也，寇無備，而玉麟從漢口渡江，距兩城遠，故寇炮不甚相及。既空屯沙口，不能助攻戰，乃議還。眾議由漢人沌，雖迂遠，其避炮宜易。載福愞之曰：「丈夫行何所避，浮江下、溯江上乃為快耳。」玉麟恥後之，張帆先行。寇先已密備，覘我還路，艤舟傍中流。
及城上縣炮併發，諸軍但冒進，不知誰生死。炮丸飛鳴，船倉群子以斗計，擊沉四船，中炮死者三百人。炮擊玉麟桅折，不能進，望見載福，自呼之，載福船瞬息已去。成發翔三版過，玉麟躍入得免。知其事者皆不直載福，而玉麟曰：「風急水溜，呼固宜不聞。」載福先已不樂玉麟，林翼親拜兩人，和解之。
內湖水師既成，而寇亦於九江造戰船，悉仿官軍制。四月，自姑塘上犯，敗官軍。五月，復戰，敗之，奪拖罟以歸。拖罟者，即陳輝龍所造，九江所失者也。六月，進攻湖口，不利。七月，合陸軍攻湖口，寇馮岸發炮，蕭捷三中炮死。八月，乘流攻湖口，南風急，船駛陷寇壘下，喪船二十一。奏奪五營營官秦國祿等官，而急召玉麟。於是陸軍大將羅澤南援武昌，而玉麟還領內湖軍，李孟群改統陸軍，而楊載福領外江軍。載福議以孟群舊部多不可用，汰羸怯十之五。十一月，外江軍合陸軍逼圍武昌。時玉麟當之南昌，江路絕，則道湖南趣陸行，阻袁、瑞寇四五百里，行旅相戒，惟通寇者乃得達。玉麟敝衣徒步往，從者數人，行二三日，皆懼不進。欲上取贛，則吉安亦陷，非從廣東、閩、浙不可至南昌。玉麟謝去從者，偽為遊學乞食，經寇關卜數十，寇無覺者。至南昌，城門訶禁之，問其實，報院司，皆大驚怪，軍中聞其至，氣自倍。
自十二月至六年二月，外江軍數苦戰，寇舟亦日益。四月，移屯沙口。楊載福念寇舟來則依岸，而其上下皆乘風，船炮製法同官軍，與我共長江，恆避戰，終不可勝，宜深入襲燒之。
則募軍士尤勇者，駕千石大船，實消黃、蘆荻，施火線，約曰：「待近賊而發，發則登三版以自救，且急歸。」應募者三百人。其夜，載福設酒，具五俎之食，饗三百人，躬自行酒，勉之曰：「成功歸者，人犒百金，有官者超兩階，白丁拔六品實職，無負我。」既出，人相語曰：「觀此往，必死也。」有悔者，或潛去。或又自奮曰：「壯士死一言耳。」棹帆遂行，逼寇舟南岸嘴屯，火發，皆自躍登三版，或遲，傷火及墮水者，死哨官一，傷勇丁四十，余皆鼓棹還，載福親迎勞頒賞。自是寇舟能戰者二百餘皆燼，火藥沖寇空中，墮江水及岸相積。而前軍游擊，乃直至黃州，寇不復上。旬日，巡哨船掠巴河、蘄州，揚兵九江城下。寇震駭，援絕，武昌、漢陽坐困矣。
十一月，林翼復大治戰船，增軍至七千人，合二十四營，立船局沌口，以時修艌。其月，武昌、漢陽同日復，乃移船局漢口。載福遂同復武昌縣，及黃、蘄，燒武穴、龍坪、小池諸寇舟，奪大小戰船五十八。十二月，水陸軍圍九江，內湖軍往來吉、袁、臨、瑞、建昌、南康、饒、廣間，日有戰事，以陸軍屢敗不得志，然所在扼寇，寇亦不能長驅。江西亦自立水軍，以劉於淳領之，常屯樟樹，為省城西防。
七年二月，國藩遭父喪，奏言：「臣軍事以水師為大，楊載福所統十營、彭玉麟所統八營，合大小戰船五百，炮二千，請以署湖北提督楊載福為總統，惠潮嘉道彭玉麟為協理。」詔從所請。五月，湖口寇舟上犯，外江軍出擊之，乘風追過百里。
及還，寇尾之，別從扁擔夾出小舟要之，軍敗，哨官易景照等死者二十一人，勇丁死者百四十八人，喪船十八。蓋水戰，風水俱順，則行急炮無准；俱逆，則膠滯不得進，數以此敗，非善戰者莫能操其機，則順水取逆風，逆水取順風，將勇者勝焉。
閏五月，寇從陸道上窺蘄、黃，分船守蘭溪、巴河、樊口、陽邏、沙口，而大營屯官牌夾，以攻小池。八月，小池拔。
九月，始復攻湖口。先是，玉麟軍在江西歲餘，無所得餉，借領火藥亦靳之。時內湖軍屢攻石鍾、梅洲寇屯，不下，聞外江軍至，剋期遣諜告九江圍軍合攻。丁亥平旦，玉麟率全軍分三隊出湖，載福臨江口發炮應之。寇並力拒湖內軍，城洲兩岸炮丸如雨。玉麟令三版先出，大船繼之。寇度船所經，直石鐘山下，有石崖高下與三版相當，即輦巨炮崖口，一發中前船，都司羅勝發斃，玉麟令回船。後者進有死者，復回船。後者迭進，傷死相繼，莫敢退。或諫曰：「今驅士卒與飛火爭命，非兵法也。」玉麟曰：「自水陸用兵，於此五年，精銳忠勇之士斃命於此千數矣，湖北、江西以此被屠戮者數十萬，每一念之煎心。且久困，若不破此險，無生理。今日固死日也，義不令士卒獨死，亦不令怯者獨生矣。」鼓而進之。寇崖下炮發火多，銅焦，炮者震死。船銜尾直下，出江與外江合軍，歡聲動江水，於是沿江寇舟失勢，所在擲火燒之，舟盡燔。而官軍船為鐵網牽絓，篙楫不利，岸上寇復聚火槍擊水軍，適會李續賓伏陸軍，潛上湖口城背山，揚旗鳴角下，岸寇驚愕，大潰。三軍合屯，其夜城寇破走，洲上寇亦遁，獲軍火子藥數十萬，炮船八十餘，悉解江西。
辛卯，乘勝奪據小孤山。乙未，載福攻彭澤，庚子，克之。
前軍至望江，望江寇遁。壬寅，復東流。癸卯，過安慶，舍城不攻，攻樅陽壘，破之。甲辰，破大通壘。丙午，復銅陵。下至峽口，見官船旌旗。偵者言，此紅單船，定海總兵李德麟所將也。丁未，載福往見李德麟，紅單船人皆聚觀，以為此軍將從賊中來，疑不可信。李德麟因言方攻泥汊，縣賞萬六千金，攻七月，堅不下。明日，載福令李成謀攻之。棹而進，逼屯擲火，屯中寇久懈，殊不意有軍至，皆長跪乞命，獲炮百、舟五、米六屋，及所俘寇盡以與紅單船，回船而還。是月初，和春方奏言泥汊戰勝狀，至是湘軍攻克，而江南大營不復言泥汊，蓋諱之雲。十月戊寅朔，載福還師。丙戌，至湖口。內湖軍先增二營為十營，分八營屯章、贛，留二營湖口。丙申，江西寇自鄱陽窺湖口，援九江，為陸軍所敗，還走池州。前所復望江、東流、銅陵三城復陷。
八年四月壬子，水陸軍攻克九江。外江內湖軍要逃寇，盡殲之。詔楊載福專征。外江軍移屯華陽鎮，分防三營屯黃州，彭玉麟駐湖口。五月乙末，起國藩督陸師援浙。載福復克東流，進屯黃石磯。六月，撫定建德寇，復其城。八月戊辰，國藩、載福奏祀陣亡將士三千餘人於石鐘山。內湖軍合陸師克吉安，江西始平。九月辛巳，合陸軍攻安慶。十月辛亥，三河軍潰，寇大上。我軍分屯，自九江至武昌十二，黃石屯軍如故。
九年，寇別部犯湖南，圍寶慶，湖南、北大震。分遣蕭翰慶、王明山等四營入資水，曾紹霖等二營防沅水，左光培一營防澧水。五月，師行。七月，還江防。九月，寇將韋志俊以池州反正。玉麟躬率內湖軍移駐黃石，與楊載福合屯。十月，李成謀往撫池州寇，眾叛，攻韋志俊，力戰擊走之，收其眾萬人。
十一月，徽、寧寇來攻，由際登城，池州陷，拔餘眾還張溪。
十年三月，浙江請援。遣蕭翰慶改將陸師三千，合領歸誠人三千援杭州，道寧國。副都御史張芾奏止韋志俊軍。杭州已陷，新任巡撫王有齡以寇退，復奏止翰慶等，仍隨張芾收旌德、石埭、太平、廣德。已而浙事亟，飛檄召翰慶，而韋志俊遂率所部依水軍。四月，外江營官陳金鏊，合江南水軍攻梟磯寇屯，破之。五月，蕭翰慶遇寇湖州，道戰，死之，餘眾入城助守。
江南大營潰，蘇州陷。以國藩署兩江總督。國藩自宿松移駐祁門，議立三路水師：一淮揚，一寧國，一太湖。林翼則議立衢、杭水軍，而無寧國。然皆不果行。其後，乃立淮陽、太湖軍，遂復江蘇列縣雲。韋志俊從水軍復攻池州，不克，還攻樅陽，收之。六月，載福奏遣江南水軍將李德麟、吳全美還守鎮江，分軍屯大通。於時徽、寧繼陷，陸軍自顧不暇，安慶雖合圍，而寇窺蘄、黃。國藩受命節制皖南軍，而總兵周天受死寧國，寧國余民保南陵。總兵陳大富血書求援，不能救，乃令水軍赴其急，謀拔出城中軍民，棄城不守。載福念孤軍深入，必具危。
九月，秋雨江漲，躬率四營揚言攻蕪湖。時寇方於南陵作壘，斷北港以困城中，蕪湖久無備，偵水軍出，度南陵不通舟，即夜俱下赴蕪湖。載福宿魯港，半夜令曰：「視吾船所鄉而進，先者斬！」旦令兩營屯港口，已登三版，令柁師曰：「往救南陵。」諸軍皆驚疑，以統將先則繼進。港左右寇小屯三四處，愕出不意，走保城下大壘。壘寇大半赴蕪湖，我擲火，則皆出走。載福叩城門呼大富曰：「今奉令拔城中居民，可急裝入船。」令戰船軍皆步，循堤退出，民老弱先，壯者後，戰船軍後，載福殿，半日悉發。逃寇走報蕪湖，蕪湖眾還已暮矣。寇呼噪來追，載福獨持矛立堤上，眾不敢逼。比出港，而蕪湖寇將舟至，方與留防軍楊占鰲等相持，見大隊船浮港下，亦退走。軍民萬餘人，分載諸船還黃石大營，給棚帳，留二十五日。十一月，寇陷東流、建德、彭澤，圍湖口，分陷鄱陽、都昌，載福、玉麟躬出戰守。玉麟入湖口，登陴雨立數日夜，寇去，遂分復五縣，遷南陵軍民於東流。浙江議立水軍，奏調營官劉培元，培元先歸湖南領水軍，在衡、永防寇，不果往。自是東南七省皆自有水師戰船，多用湘軍將，及製造皆仿湘軍焉。
十一年春，寇復犯蘄、黃，遂及德安，頗窺彭澤、大通間瀕江地，以防密，輒退走。玉麟又自率軍至武漢，因巡江防，會陸軍克孝感。三月，國藩移駐東流。安慶圍已三年，曾國荃將萬人，浚前後壕，引江水浮戰船，互相倚。寇帥陳玉成尤患之，乃於菱湖北作屯，以通集賢關，且作浮橋通城。載福率師攻擾之。陸軍將曾貞幹築壘湖口以遏寇，寇來爭，戰且築。寇亦更築阻遏水軍，船從兩壘間出，士多傷。四月，王明山等入石門湖，合陸軍攻赤岡。下游屯軍李朝斌等頻攻魯港，以牽寇援，陳代友等入練潭，與桐城陸軍相應。五月，蔡國祥破菱湖寇屯。李成謀攻無為、青陽，寇皆馮城不出。七月，玉麟會陸軍克孝感、天門、應城、黃州、德安。載福假歸。八月丁巳朔，安慶復。寇先越湖遁走，胡水師先登。辛酉，趙三元克池州。
上游蘄、黃次第平。林翼薨。詔玉麟為安徽巡撫。九月丁巳，王明山克銅陵、無為。黃翼升新立淮揚軍，輔李鴻章陸軍援蘇、常，道絕，未得進，仍合諸軍防江。十一月丁未，攻運漕鎮。
癸丑，攻東關，皆破之，以陸軍少，留屯不進，玉麟奏言：「臣起自諸生，居戰艦十年，與水勇、柁工馳逐風浪。封疆大吏，進退百僚，深懼弗克勝任。」詔敦促赴官。再辭，改水師提督。
明日，又詔曰：「彭玉麟有節制之任，武職不足資統率，著候補兵部侍郎。」載福避御名，改名岳斌，以母病再請假，詔促令到防。
同治元年三月，李成謀等合陸軍攻巢，戰於銅城閘、雍家鎮，皆捷，遂復巢城。陸軍乘勝攻含山、和，克之。蔡東祥別攻濡須，克之。李成謀、成發翔、蔡東祥等三軍遂合陸軍攻西梁山，燒其鐵瑣，寇不戰而走，渡江攻魯港，克之。陸軍復南陵，玉麟進駐銅陵。四月壬申，玉麟將外江、內湖、淮揚三軍十八營，盛兵攻金柱關，陸軍因襲太平，復其城，夜攻金柱，克之。癸酉，分遣王明山攻烏江，李成謀、成發翔取蕪湖，黃翼升襲東梁山，皆克之。玉麟悉調上游水軍集濡須。
五月癸未，玉麟督彭楚漢、王吉、喻俊明、成發翔、王明山從溧州會陸軍，攻江寧城西頭關，破之。寇倚洲作二壘，玉麟分遣八營逼壘，寇炮落船中，乃遣軍持火登岸，伏葦下。入夜，火起，宿葦枯根延燒新莖，燎一洲，寇走出，因襲燒其壘，奪炮數百，斬冠無算。玉麟自乘三版至下關，諸軍方收隊，見小船紅旗直上，訝之。時昧旦初辨色，王明山未起，哨官廖德茂迎候，言明山連夜戰，初還坐船，玉麟頷之。已而，陸軍將來問克壘破關狀，見玉麟在，則怖懼不知所言。廖德茂往報王明山，明山聞捷喜，又謾罵曰：「諸蠢奴，欲急滅長毛，歸餓死耶？」德茂言：「統帥夜已至下關。」乃驚起，往謁玉麟，紅旗小船已去久矣。故凡戰，載福、玉麟在，或前或後，水陸將士皆惴惴，莫不盡其力。初，陸軍之進雨花台也，寇鈔後，斷運道、梗軍報不通，軍中嘩擾。至是頭關破，以水軍護糧由江路進，陸軍心始定。自和春潰後，至此官軍始再至城下，卒以合圍，其先無水師故也。
癸巳，黃翼升領淮揚軍越寇屯赴上海，因奏翼升署江南提督。長江五千餘里，外江、內湖軍分戍。孫昌國等長屯江西，猶隸於玉麟。七月，李鴻章奏言：「紅單船不足用，淮揚軍皆長龍、三版，分船四十防三江口，其餘入松江、泖、淀諸湖。」 然於海面風沙性不諳，蓋始有意於輪船矣。八月，淮揚軍拒吳淞寇，敗之，平七壘，又攻淀湖北岸石壘，破之，奪舟二十。
徽、寧寇負舟越東壩，謀爭金柱，舟蛾集固城南漪湖，玉麟躬入湖拒之。寇燒出花津，岳斌往拒之。九月乙卯，戰關下，郭明鰲中炮死。戊辰，七營合陸軍攻花山，彭楚漢等先據上駟渡，絕浮橋。玉麟令曾泗美舍船助陸軍，俱進。金柱守將羅逢元自後乘寇，大戰，破之。寇敗趨橋，遇楚漢列船，則大潰。辛未，破花津寇屯。戊寅，成發翔等戰石臼湖，奪寇舟四十，旋克灣■◆。下游寇乃乘間自浦口北渡，陷含山、巢、和。是時廬州新復，多隆阿不欲隸曾軍，因詔書援陝，則北去，故廬、桐空虛。玉麟屯濡須，而寇復踞運漕鎮，在其上游岳斌防蕪湖，日奪東壩寇來一舟。十月，淮揚軍出青浦，破寇舟於白鶴江。更立太湖軍十營，李朝斌為統將。黃翼升攻寇福山，大破之。初，寇將駱國忠以常熟反正，寇起大眾圍常熟，官軍往援，隔太倉不得進，故合陸軍從福山入，與寇相持。十二月，玉麟克運漕鎮，旋收含山、巢、和。
二年二月，淮揚軍進攻福山，七十餘日，擊破來寇，解常熟城圍。三月，分遣歐陽利見、王東華合陸軍，克太倉、崑山、吳江。五月，玉麟、岳斌合陸軍，大陳兵攻九洑洲過江浦，寇望風奔潰，收其城，遂破浦口屯。屯寇奔洲，洲寇閉不納，多投江及餓死者。九洑洲為江寧對岸重鎮，寇築堅城以遏長江，集戰艦，環巨炮數十護之。自寇據城，向榮、和春師至，洲寇必全力走江北及寧國以誤我。及曾國荃欲合圍，而都興阿、馮子才日言九洑危險，朝議憂疑。含山之再陷也，降人李世忠負敢戰名，以三萬眾扼九洑，不勝。故洲上寇壘愈高堅，旁列數十屯，列舟緣洲，亦自以為牢固。於是玉麟陳船上流，分二隊，南從秦淮向下關，北繞永安洲向草鞋夾，更列軍為南北後應。
而岳斌自督戰，以枯荻灌油燒屯舟，因燒旁壘入，襲燕子磯，破之，胡俊友中炮死，洲寇不出。明日，岳斌遣陸軍伏叢莽中，掘洲埂，分船夾洲上下，更列軍鄉城中關拒援寇，乃散遣三版繞洲，伺隙則登。寇分三隊，發火槍，傷死者數百人。至夜，玉麟令曰：「洲破乃還師，不者，傳餐而戰。」喻俊明、成發翔、王吉、任星元更番夜攻，或有乘暗得登洲者，眾噪而登，皆冒炮爭上，踐屍而進，人忘其死，九洑洲竟破，萬餘寇無一脫死者，獲馬三百餘匹，悉送陸軍中。捷未上，江北爭飛書相慶。詔問狀，且訝其速克焉。
七月，安徽巡撫唐訓方有事苗練，以臨淮無水軍，譴丁泗濱將船八十護糧運，奏調淮揚軍。詔令岳斌自往。國藩以長江事重大，留岳斌。李鴻章言：「蘇、松之戰，水師功為多。」 亦不能遣淮揚軍。八月，福建寇入江西，窺湖口、彭澤，旋敗走，遂掠池州，圍青陽。喻俊明往援，又急檄江忠義陸軍出江西來援，玉麟來視師，圍解。寧、太寇連屯高淳、溧水，謀襲蕪湖陸軍，並攻新河庄。玉麟躬攻水陽，岳斌來會師，克滄溪鎮，逼高淳，降寇守將，遂收固城鎮，克東壩，降建平、溧水寇將，解散萬計。
三年春，詔頻問國藩，以楊岳斌、彭玉麟宜分上、下游或內、外江，以鎮撫湖北、江西。四月，奏遣玉麟駐九江以上，控湖北。浙江巡撫左宗棠以岳斌為未盡其用，且密陳其才堪督、撫。癸巳，詔岳斌督師江西，兼防皖南，未幾，授陝甘總督。岳斌之貴先玉麟，及玉麟改提督，詔有統率文。岳斌自恨非文官，常見於詞色，還江一奏事，被詔，令由國藩轉上。當時論者皆以岳斌功高，勝玉麟遠甚，嘆息於文武積習，諸文人又自恥持常談，亦交訟岳斌，稱其才德。至是被顯命，督師專征，眾皆欣欣焉。五月，黃翼升還統外江軍。內湖軍將孫昌國克貴溪。岳斌至南昌，陸軍大將鮑超已破江西寇，無所為，則奏劾江西統將席寶田以違節度，奪三階。六月乙酉，江寧平。戊戌，詔論國藩功，以創立舟師為首。八月，進長江圖。岳斌督陸軍赴陝西，黃翼升為水師提督。詔玉麟駐安慶。國藩奏：「今議立長江水師，當周曆區畫。」 五年正月甲子，國藩、玉麟奏言：「瀕江五省，戰事大定。前募水勇，請改為經制水兵。我朝綠營兵丁五十餘萬，乾隆四十六年議增缺額，大學士阿桂上疏力爭之，臣國藩丁咸豐元年，亦疏請裁兵五萬。自洪、楊倡亂，捻、回繼變，皆倚勇於以集事，國家養兵歲費二千萬。今直省勇丁，合計三十萬以外，而經制之兵，仍未能減，非長策也。大江水師，船至一千餘號，炮位二三千，利器不宜浪拋，勁旅不宜裁徹。俸薪口糧修補船炮經費，於長江酌留厘稅，量入為出，計提督一員，總兵五員，營官、副、參、游二十四，哨官、都守、千、把、外委七百七十四，兵數萬二千，兵餉、雜費月五萬有奇。自荊、岳二州至崇明五千餘里，立六標分汛，計船七百七十四，營二十四，副將營戰船四十三，參將營三十三，游擊營二十三。自提督至外委各給坐船。長龍設大炮六，三版大小炮各二，設火藥局於安徽、湖北二省城，設子彈局湖南省城，設船局漢陽、吳城、草鞋夾。「因奏事宜三十，營制二十四。六月，軍機大臣會奏依行，編《章程》六捲入《方略》，垂示後世，頒之天下。水師即立，而國藩移督直隸，玉麟告歸，黃翼升為提督。
七年，長江盜劫多，有軍士不習篙楫。時議疑本奏裁兵，而更增兵。兵歲不用則罷惰，與舊時水師營等，兵不可久，長江水師亦宜罷。其年，國藩薨。詔征玉麟，召見，補兵部左侍郎，詢長江事宜，復具疏三辭侍郎，詔每歲一巡長江。於是黃翼升請病去，而李成謀為提督。玉麟所至則江湖肅然改觀，作《長江水師剔弊百條》上之，著於令。岳斌先已罷陝督，亦被征命巡江，恆多引疾，事專於玉麟，歲有劾罰。然舊部宿將皆衰老，新補兵稀復知戰，言輪船炮利者益多矣。